结论：在挂靠人起诉发包方的诉讼中，发包方原则上不应再向被挂靠单位付款，但具体是否可付款需结合合同效力、挂靠关系性质及诉讼阶段综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若挂靠合同无效，但建设工程施工合同有效

• 法律关系：挂靠人与被挂靠单位之间的挂靠合同因违反《建筑法》第26条（禁止无资质或超越资质承揽工程）而无效，但发包方与被挂靠单位签订的建设工程施工合同可能因发包方不知情而有效（若发包方明知挂靠，则合同可能无效）。
• 付款风险：若施工合同有效，发包方原则上应向合同相对方（被挂靠单位）付款。但若挂靠人已实际履行施工义务且发包方明知挂靠关系，挂靠人可直接要求发包方支付工程款（依据《建工解释一》第43条，实际施工人可突破合同相对性起诉发包方）。此时发包方若仍向被挂靠单位付款，可能面临被挂靠单位未将款项转付挂靠人、导致重复付款的风险。
• 建议：发包方应暂停付款，待法院判决明确付款对象后再行支付；若已付款，需保留转账凭证并要求被挂靠单位出具收款确认书。

2. 若建设工程施工合同无效（发包方明知挂靠）

• 法律关系：根据《建工解释一》第1条，发包方与被挂靠单位签订的施工合同因挂靠行为无效，挂靠人作为实际施工人可直接要求发包方参照合同约定支付工程款。
• 付款风险：发包方若向被挂靠单位付款，可能因被挂靠单位未实际施工且无权收取工程款，导致付款行为被认定为无效（法院可能判决发包方需再次向挂靠人付款）。
• 建议：发包方应直接向挂靠人付款，并要求挂靠人出具工程款收据及施工资料；若已向被挂靠单位付款，需立即追回或通过诉讼确认付款效力。

3. 诉讼阶段的影响

• 诉前/诉讼中：若挂靠人已起诉发包方，发包方应立即停止向被挂靠单位付款，并向法院申请追加被挂靠单位为第三人（或通知其参加诉讼），以便法院查明挂靠关系及实际施工情况，避免后续纠纷。
• 判决后：若法院判决发包方直接向挂靠人付款，发包方再向被挂靠单位付款将构成违约，需承担赔偿责任；若判决发包方向被挂靠单位付款，则需按判决执行。

4. 特殊情形：被挂靠单位已破产或失联

• 若被挂靠单位丧失清偿能力，发包方向其付款可能导致挂靠人无法受偿。此时发包方可申请法院将款项提存至公证处或法院账户，待诉讼终结后按判决分配。

总结：发包方在挂靠人起诉后，应优先通过法律程序明确付款对象，避免擅自付款引发风险。若您是发包方或挂靠人，可进一步提供合同、挂靠协议等材料，我将为您分析具体风险点及应对方案。