结论：修建厂区租赁农户土地是否需要交印花税，需根据具体情况判断，但租赁行为本身是合法的。以下从印花税缴纳和土地租赁合法性两个角度进行详细分析：
印花税缴纳角度
印花税征税范围：
- 根据《中华人民共和国印花税法》及相关规定，印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税。其中，财产租赁合同属于印花税的征税范围。
租赁农户土地是否需缴纳印花税：
- 如果修建厂区时与农户签订了书面的土地租赁合同，且该合同属于财产租赁合同的范畴，那么根据印花税法的规定，应当缴纳印花税。
- 印花税的计税依据为租赁金额，税率根据合同类型和金额大小而定，具体可参照最新的印花税税率表。
- 计算公式：应纳印花税 = 租赁金额 × 适用税率
- 示例：若租赁金额为100万元，适用税率为0.1%（假设），则应纳印花税为1000元。
特殊情况：
- 如果租赁行为未签订书面合同，或者合同不属于印花税征税范围（如某些非营利性的租赁行为），则可能不需要缴纳印花税。但这种情况较为少见，且存在法律风险，建议尽量避免。
土地租赁合法性角度
土地租赁的合法性：
- 租赁农户土地用于修建厂区，在符合相关法律法规和政策规定的前提下，是合法的。这通常要求租赁双方签订书面合同，明确租赁期限、租金、用途等条款，并依法办理相关手续。
注意事项：
- 土地用途：确保租赁的土地用途符合当地土地利用总体规划和城乡规划，不得擅自改变土地用途。
- 合同条款：租赁合同应明确双方的权利和义务，包括租金支付方式、租赁期限、土地返还条件等，以避免未来产生纠纷。
- 审批手续：根据当地政策，可能需要办理土地租赁审批、备案等手续，确保租赁行为的合法性。
法律后果：
- 如果租赁行为违反相关法律法规或政策规定，可能会面临行政处罚、合同无效等法律后果。因此，在进行土地租赁时，务必确保合法合规。
建议：在进行修建厂区租赁农户土地的行为时，建议咨询当地土地管理部门或专业律师，了解具体的法律法规和政策要求，确保租赁行为的合法性和合规性。同时，在签订租赁合同时，应明确各项条款，并依法缴纳印花税等税费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。