迟到扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合理且可能违法的。以下是对此问题的详细分析：

合法性分析

1. 规章制度依据：

   • 用人单位若要对迟到员工扣工资，必须有合法有效的规章制度作为依据。该制度应通过民主程序制定，内容合法合理，并向全体劳动者公示或告知。
   • 规章制度中关于迟到扣工资的规定应具体明确，如每月迟到累计次数、每次扣除的工资比例等，且这些规定不能明显超出合理范围。

2. 扣款额度限制：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可从劳动者工资中扣除赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 迟到通常并未直接给用人单位造成经济损失，因此，以此为由扣三天工资缺乏合理性和法律依据。即使迟到确实导致经济损失，扣三天工资也很可能超出法定扣除比例，从而构成违法行为。

3. 劳动合同约定：

   • 如果在劳动合同中明确约定了迟到扣工资的相关条款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照合同约定对迟到员工扣工资是合法的。但即便如此，扣款额度仍需遵守上述法律法规的限制。

特殊情况考虑

• 不可抗力等合理原因：若员工因不可抗力等合理原因（如自然灾害、突发疾病等）导致迟到，用人单位仍扣工资则不合理且不合法。

劳动者权益保护

• 协商：若劳动者认为企业的扣款行为不合法或不合理，首先可以尝试与用人单位进行沟通，要求其按照法律规定和合同约定支付工资。
• 投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门介入调查并处理。
• 仲裁或诉讼：在必要时，劳动者还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，或向人民法院提起诉讼，请求裁决并拿回自己应得的劳动报酬。

总结与建议

迟到扣三天工资的做法在绝大多数情况下都是不合理且可能违法的。用人单位应依法制定规章制度，并合理行使用工自主权，确保扣款额度在法定范围内。劳动者也应了解自己的权益，并在认为权益受损时，依法采取相应措施维护自己的合法权益。若您遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。