结论前置：仅因员工未按照“提前七天提出离职申请”这一规定离职就扣工资，一般是不合法的，但存在一些特殊情况需要具体分析。下面为你详细阐述：

一般情况下不合法

1. 法律规定层面：根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。也就是说，只要劳动者和用人单位解除了劳动关系，用人单位就应当足额支付工资，不能随意克扣。提前七天提出离职申请是用人单位的内部规定，不能凌驾于法律之上成为克扣工资的理由。
2. 合同约定层面：如果用人单位和劳动者在劳动合同中没有明确约定“未提前七天提出离职申请就扣工资”这一条款，那么用人单位以此为由扣工资就缺乏合同依据，属于违法行为。劳动者有权要求用人单位支付被克扣的工资，如果用人单位拒绝，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。

特殊情况可能合法

1. 给用人单位造成损失：如果劳动者未提前七天提出离职申请，导致用人单位遭受了实际的经济损失，例如因为劳动者突然离职，用人单位来不及招聘新员工，导致生产停滞、订单违约等，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但用人单位需要承担举证责任，证明损失是由劳动者的行为直接造成的，并且损失的金额是合理的。在这种情况下，用人单位可以从劳动者的工资中扣除相应的赔偿金额，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
2. 规章制度合法有效且已告知劳动者：如果用人单位的规章制度中明确规定了“未提前七天提出离职申请就扣工资”，并且该规章制度是经过民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），不违反国家法律、行政法规及政策规定，同时已经向劳动者进行了公示或者告知，那么在劳动者违反该规定时，用人单位可能有一定的依据扣工资。但即便如此，这种扣工资的行为也必须符合上述关于赔偿损失的限制条件，不能随意克扣。

建议：如果你遇到了这种情况，可以先和用人单位进行协商，要求其说明扣工资的原因和依据。如果协商不成，你可以收集相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、离职申请记录等，向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问，欢迎随时向我咨询。