针对涉违法在建工程的处理，这是一个涉及多个法律法规和复杂程序的问题。我将结合《建设工程质量管理条例》和《建设工程违法建设处理办法》的相关规定，为您详细阐述处理流程和具体措施。
一、违法行为的认定
首先，需要明确的是，涉违法在建工程可能涉及多种违法行为，包括但不限于：
- 未取得施工许可证或开工报告未经批准擅自施工：这违反了基本建设程序，是常见的违法行为之一。
- 超越资质等级承揽工程：建设单位、勘察设计单位、施工单位或工程监理单位等责任主体，如果超越其资质等级承揽工程，也构成违法。
- 未按照工程建设强制性标准进行勘察、设计、施工或监理：这直接影响了工程的质量和安全，是严重的违法行为。
- 非法占用土地进行建设：这违反了土地管理法律法规，需要依法处理。
二、处理流程
对于涉违法在建工程，处理流程通常包括以下几个步骤：
发现与立案：
- 通过日常巡查、群众举报、卫星遥感监测等途径发现涉嫌违法建设行为。
- 经初步调查核实后，认为存在违法建设事实且需要追究法律责任的，予以立案。
调查取证：
- 对违法建设进行全面、客观、公正的调查，收集相关证据。
- 证据可能包括建设项目基本情况、主体资格证明材料、土地权属证明、规划审批手续、现场照片或视频等。
认定与告知：
- 根据调查取证结果，依法对违法建设进行认定。
- 向当事人送达《行政处罚告知书》，告知拟作出行政处罚的事实、理由、依据及陈述、申辩、听证等权利。
作出处理决定：
- 根据违法建设的具体情况和相关法律法规，依法作出处理决定。
- 处理决定可能包括责令停止施工、限期改正、罚款、没收违法所得、限期拆除、降低资质等级或吊销资质证书等。
执行与监督：
- 确保处理决定的有效执行，督促违法建设单位或个人按时履行义务。
- 加强监督检查，对于拒不执行处理决定的，依法申请人民法院强制执行。
三、具体处理措施
针对不同类型的违法行为，具体处理措施可能有所不同：
对于未取得施工许可证或开工报告未经批准擅自施工的：
- 责令停止施工，限期改正，并处以工程合同价款1%至2%的罚款。
对于超越资质等级承揽工程的：
- 责令停止违法行为，处合同约定的费用1倍至2倍的罚款（根据责任主体不同，费用类型可能有所不同，如勘察费、设计费、监理酬金等）。
- 可责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。
对于未按照工程建设强制性标准进行勘察、设计、施工或监理的：
- 责令改正，并处以相应罚款（如工程合同价款的2%至4%等，具体根据违法行为和责任主体确定）。
- 造成工程质量事故的，还需承担相应责任，包括返工、修理、赔偿损失等。
- 情节严重的，还需停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书。
对于非法占用土地进行建设的：
- 违反土地利用总体规划的，责令退还土地、限期拆除并恢复土地原状。
- 符合土地利用总体规划的，没收建筑物并处罚款。
四、注意事项
- 依法依规处理：在处理涉违法在建工程时，必须严格遵循相关法律法规和程序要求，确保处理的公正性和合法性。
- 全面调查取证：在作出处理决定前，必须进行全面、客观、公正的调查取证工作，确保违法事实清楚、证据确凿。
- 加强执行与监督：处理决定作出后，必须加强执行与监督工作，确保处理决定得到有效履行。对于拒不执行处理决定的，应依法申请人民法院强制执行。
- 建立长效机制：为了预防和减少违法建设的发生，应建立长效机制，包括加强宣传教育、完善监管机制、建立举报奖励制度等。
综上所述，涉违法在建工程的处理需要严格遵循法律法规和程序要求，确保处理的公正性和合法性。同时，通过加强执行与监督和建立长效机制等措施，可以有效预防和减少违法建设的发生。