在建工程违法是一个复杂的问题，涉及多个法律层面和可能的后果。作为公司，面对在建工程违法的情况，应当从以下几个方面来应对：

1. 立即停止违法行为：

   • 一旦发现在建工程存在违法行为，公司应立即停止该违法行为，避免事态进一步恶化。

2. 自查自纠，整改合规：

   • 公司应组织专业团队对在建工程进行全面自查，找出违法问题的根源，并制定相应的整改措施，确保工程后续施工合规进行。

3. 配合政府调查：

   • 若政府相关部门介入调查，公司应积极配合，提供必要的资料和信息，不得隐瞒或阻挠调查工作。

4. 承担法律责任：

   • 根据违法行为的性质和严重程度，公司可能需要承担相应的法律责任，包括行政处罚、民事赔偿等。公司应依法履行义务，避免引发更大的法律纠纷。

5. 加强内部管理：

   • 公司应加强对在建工程的管理和监督，建立健全的合规制度，确保工程从设计、施工到验收等各个环节都符合法律法规的要求。

6. 寻求专业法律帮助：

   • 面对复杂的法律问题，公司可以寻求专业律师的帮助，以便更好地理解法律条款、应对政府调查、处理法律纠纷等。

具体来说，如果公司在建工程因未取得施工许可证而违法施工，公司应立即停止施工，并尽快向相关部门申请补办施工许可证。同时，公司还需对内部进行整改，加强项目管理和合规意识，确保未来不再发生类似问题。

总之，面对在建工程违法的情况，公司应积极应对，采取有效措施整改合规，并加强内部管理，确保工程后续施工的合法性和合规性。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。