政府与企业签订的合作协议，在特定情况下确实需要进行公平竞争审查。以下是对这一问题的详细分析：
一、公平竞争审查的适用范围
公平竞争审查制度旨在防止政府及其所属部门滥用行政权力，排除、限制市场竞争。根据相关规定，行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，在制定市场准入、产业发展、招商引资、招标投标、政府采购、经营行为规范、资质标准等涉及市场主体经济活动的规章、规范性文件和其他政策措施时，应当进行公平竞争审查。虽然直接的规定可能并未明确提及“政府与企业签订的合作协议”，但合作协议若涉及上述市场主体经济活动，且可能对市场竞争产生影响，则应纳入审查范围。
二、合作协议是否需审查的具体判断
协议内容分析：
- 如果合作协议涉及市场准入、产业发展、招商引资等关键领域，且协议条款可能对市场竞争产生排除或限制作用，那么该协议应当进行公平竞争审查。
- 例如，协议中若包含独家经营、限制其他企业进入市场、设定不合理的交易条件等条款，这些都可能构成对市场竞争的限制，需要进行审查。
协议主体与目的：
- 政府作为协议的一方，其签订合作协议的目的通常是为了促进地方经济发展、实现公共利益等。然而，这并不意味着所有政府与企业签订的合作协议都无需审查。
- 如果协议在实现公共利益的同时，也可能对市场竞争产生负面影响，那么仍然需要进行公平竞争审查，以确保协议不会损害市场公平竞争环境。
审查的例外情况：
- 并非所有政府与企业签订的合作协议都需要进行公平竞争审查。例如，一些纯粹的行政指导、公共服务提供等协议，可能不涉及市场竞争问题，因此无需审查。
- 但这类例外情况需要严格界定，避免以例外为名规避审查，从而损害市场竞争秩序。
三、公平竞争审查的意义与后果
维护市场竞争秩序：
- 公平竞争审查有助于防止政府滥用行政权力，排除、限制市场竞争，从而维护良好的市场竞争秩序。
保护消费者权益：
- 通过审查，可以确保市场上的商品和服务在公平竞争的环境下提供，从而保护消费者的选择权和合法权益。
法律后果：
- 如果政府与企业签订的合作协议未经公平竞争审查，且协议条款违反了反垄断法等相关法律法规，那么该协议可能面临被宣告无效、被撤销或承担其他法律责任的风险。
四、建议与措施
政府方面：
- 在签订合作协议前，应主动进行公平竞争审查，确保协议条款不会损害市场竞争秩序。
- 可以建立内部审查机制或委托第三方机构进行审查，以提高审查的准确性和有效性。
企业方面：
- 在与政府签订合作协议时，应要求政府提供公平竞争审查的相关证明或文件，以确保协议的合法性和有效性。
- 如果发现协议条款可能违反公平竞争原则，应及时向政府提出异议或寻求法律救济。
如有任何关于公平竞争审查或政府与企业合作协议的法律问题，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。