当面对一个案子中三个人第一次口供不一致，而第二次口供一致的情况时，检察院会采取一系列严谨而细致的措施来审查判断，以确保案件事实的准确认定。以下是我为您详细梳理的处理流程：

一、深入调查核实

1. 再次讯问犯罪嫌疑人：

   • 检察院会安排工作人员对涉案的犯罪嫌疑人进行再次讯问，特别是针对那些口供有变化的个体。
   • 讯问过程中，会要求他们详细解释前后口供不一致的原因，探究是记忆误差、受到外界干扰，还是故意隐瞒、歪曲事实。

2. 询问证人：

   • 检察院会积极寻找与案件相关的证人，通过询问他们的陈述来佐证或反驳犯罪嫌疑人的某次口供。
   • 证人证言往往能提供案件的关键线索，有助于检察院更全面地了解案件事实。

3. 收集其他证据：

   • 除了口供和证人证言，检察院还会调取书证、物证、视听资料、电子数据等其他类型的证据。
   • 这些证据将形成全面的证据体系，对口供进行综合分析，以确定哪一次口供更符合客观事实。

二、审查证据的关联性和合法性

1. 关联性审查：

   • 检察院会仔细审查两次口供（或多次口供）与其他在案证据之间的关联性。
   • 通过构建证据链条，判断某次口供是否能与其他证据相互印证，形成完整的证据闭环。

2. 合法性审查：

   • 检察院会严格审查获取口供的程序是否合法，确保没有采用刑讯逼供、威胁、引诱、欺骗等非法方法收集口供。
   • 只有合法收集的口供才能作为定案的依据，这是保障犯罪嫌疑人合法权益的重要一环。

三、综合判断与处理

1. 认定事实并决定起诉：

   • 如果检察院能依据现有证据准确认定案件事实，即使口供存在不一致，也可依法作出起诉决定。
   • 此时，其他证据已形成完整的证据体系，足以证明犯罪行为的存在。

2. 补充侦查：

   • 如果现有证据无法排除口供不一致带来的疑问，影响案件事实认定，检察院可将案件退回公安机关补充侦查。
   • 补充侦查的目的是进一步收集证据，查明真相，且补充侦查以二次为限，每次期限为一个月。

3. 不起诉：

   • 如果经补充侦查后，仍无法确定哪次口供真实，且现有证据不足以证明犯罪嫌疑人有罪，检察院可依法作出不起诉决定。
   • 在这种情况下，证据间的矛盾无法合理排除，无法形成完整的证据链条证明犯罪事实，因此检察院会选择不起诉。

四、对犯罪嫌疑人的建议

• 对于犯罪嫌疑人而言，保持口供的一致性和真实性至关重要。如果确实需要更改口供，应及时向检察官说明情况并提供合理解释。
• 积极配合调查、如实陈述事实是每个公民应尽的义务和责任。这不仅有助于案件的公正处理，也是对自己合法权益的最好保护。

综上所述，检察院在处理犯罪嫌疑人口供不一致的情况时，会遵循严格的法律程序，综合运用多种调查手段，确保案件处理的公正性和准确性。希望这个解答能对您有所帮助。