甲方在明知厂房使用权存在争议的情况下，仍然与您签订买房协议，这一行为在法律上可能构成欺诈或重大误解，导致合同存在被撤销或认定无效的风险。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律背景与规定
欺诈的认定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
- 在本案例中，如果甲方故意隐瞒厂房使用权存在争议的事实，或者提供虚假信息，导致您在不知情的情况下签订了买房协议，那么甲方的行为就可能构成欺诈。
重大误解的认定：
- 如果甲方虽然未故意隐瞒，但未充分披露厂房使用权存在争议的重要信息，导致您对合同标的产生了重大误解，那么您也有权请求撤销合同。
- 重大误解通常涉及合同标的的性质、规格、数量、质量等关键要素，如果厂房使用权存在争议直接影响到房屋的价值或使用功能，那么就可能构成重大误解。
合同无效的情形：
- 如果厂房的使用权争议涉及到违法或违反公序良俗的情况，比如厂房是违法建筑或存在其他法律障碍，那么该买房协议可能因违反法律强制性规定而无效。
二、法律后果与建议
合同撤销或无效的法律后果：
- 如果合同被撤销或认定无效，那么根据《民法典》的规定，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
您的权利与行动建议：
- 收集证据：首先，您需要收集能够证明甲方明知厂房使用权存在争议的证据，比如相关文件、聊天记录、证人证言等。
- 咨询律师：接下来，我建议您咨询专业律师，对证据进行评估，并了解具体的法律程序和可能的结果。
- 协商或诉讼：根据律师的建议，您可以尝试与甲方协商解决争议，比如要求撤销合同、返还购房款并赔偿损失；如果协商不成，您可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
三、特殊情况与注意事项
甲方可能的主张：
- 甲方可能会主张其并不知情或已充分披露相关信息，以抗辩您的撤销或无效请求。因此，您需要确保收集的证据充分、确凿，能够证明甲方的过错。
合同中的免责条款：
- 如果买房协议中包含免责条款，比如甲方对厂房使用权争议不承担责任等，那么这些条款可能因违反法律强制性规定或公序良俗而无效。但具体还需根据合同内容和法律规定进行判断。
及时行动的重要性：
- 需要注意的是，撤销权或请求确认合同无效的权利通常有一定的行使期限。因此，我建议您在发现甲方存在欺诈或重大误解行为后，尽快采取行动，以免错过维权时机。
综上所述，甲方在明知厂房使用权存在争议的情况下与您签订买房协议，这一行为在法律上可能构成欺诈或重大误解。我建议您收集证据、咨询律师，并根据律师的建议采取协商或诉讼等行动来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。