结论前置：公司占用离职员工证书的行为，离职员工是有权要求赔偿的，但具体赔偿方式和金额需根据实际情况和法律规定来确定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律背景与依据
《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者在离职时，有权要求用人单位归还其个人物品，包括但不限于工作证、职业资格证书等。这些证书属于劳动者的个人财产，用人单位无权扣留或占用。
《侵权责任法》的相关规定（虽已废止，但相关原则在《民法典》中得以延续）：
- 用人单位占用离职员工证书的行为，可能构成对劳动者财产权的侵害。根据侵权责任的原则，劳动者有权要求用人单位停止侵害、返还财产，并可能要求赔偿因此造成的损失。在现行《民法典》中，这一原则同样适用，具体体现在物权保护的相关条款中。
二、赔偿的法律依据与计算方式
赔偿的法律依据：
- 如前所述，用人单位占用离职员工证书，若给劳动者造成损失（如因无法及时提供证书而错失工作机会、影响职业发展等），劳动者有权要求用人单位进行赔偿。
赔偿的计算方式：
- 赔偿金额的计算需根据实际情况来确定，包括但不限于劳动者因证书被占用而遭受的直接经济损失（如误工费、交通费等）和间接经济损失（如职业晋升机会的丧失、薪资水平的降低等）。
- 在某些情况下，如果用人单位的行为构成恶意侵占或故意损害，劳动者还可能要求额外的精神损害赔偿。但这一部分的赔偿通常需要法院根据具体情况进行裁量。
三、实际操作建议
与用人单位协商：
- 首先，建议离职员工与用人单位进行友好协商，要求用人单位归还证书并赔偿因此造成的损失。协商过程中，可以保留相关证据（如聊天记录、邮件往来等）以备不时之需。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，离职员工可以向当地的劳动监察部门投诉用人单位的违法行为。劳动监察部门有权对用人单位进行调查，并要求其改正违法行为。
提起劳动仲裁或诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不满意，或者用人单位拒绝配合，离职员工还可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求用人单位归还证书并赔偿损失。
四、注意事项
- 在整个过程中，离职员工应保留好所有与证书被占用相关的证据，包括但不限于证书原件、复印件、用人单位的占用证明、因证书被占用而遭受的损失证明等。
- 如果可能的话，建议离职员工在离职前就与用人单位明确证书的归还事宜，并在离职协议中注明相关条款，以避免后续纠纷。
总结与建议：公司占用离职员工证书的行为是违法的，离职员工有权要求用人单位归还证书并赔偿因此造成的损失。在实际操作中，建议离职员工先与用人单位协商，协商无果后再考虑向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁/诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。