结论：公建民营协议到期后，若民办非企业许可证未过期且仍在运营，其合法性需根据具体情况判断，不一定直接构成违法，但可能面临法律风险和合规问题。以下从不同角度详细分析：

1. 协议到期后的法律关系

• 协议终止效力：公建民营协议本质是民事合同，到期后若未续签或未达成新协议，原协议权利义务终止（《民法典》第5百五十七条）。此时，民办非企业单位（以下简称“民非单位”）继续使用公建设施可能缺乏合同依据，构成无权占有。
• 例外情形：若协议约定“到期自动续期”或“双方未提出终止视为续期”，则运营合法性可延续至新协议生效。但需注意，此类条款需明确约定且不违反法律强制性规定。

2. 民办非企业许可证的效力

• 许可证独立性：民办非企业许可证是行政机关对民非单位主体资格的认可，与公建民营协议分属不同法律关系。许可证未过期仅证明民非单位主体合法，不直接赋予其使用公建设施的权利。
• 合规风险：若民非单位继续运营但未与公建方重新签订协议，可能面临：
  • 公建方主张侵权：要求停止使用设施、赔偿损失（《民法典》第1165条）；
  • 行政处罚：若公建设施涉及国有资产，未经许可继续使用可能违反《企业国有资产法》等规定，被责令整改或罚款。

3. 运营合法性的关键因素

• 公建方态度：若公建方明确同意民非单位继续使用设施（如口头同意、补充协议），则运营合法；若反对，则民非单位需立即停止使用。
• 设施性质：若公建设施属于“公益性资产”（如学校、医院），民非单位继续运营可能涉及公共利益，需经主管部门批准或重新招标（《政府采购法》第48条）。
• 许可证范围：若民非单位许可证载明的业务范围与公建设施用途一致，且未超出许可期限，可降低合规风险；若不一致，可能涉嫌“超范围经营”。

4. 法律建议

• 立即协商续签：民非单位应尽快与公建方沟通，签订补充协议或新协议，明确权利义务（如使用期限、费用、终止条件）。
• 审查许可证与协议：核对许可证业务范围、有效期与公建协议内容，确保一致；若不一致，需向登记机关申请变更许可。
• 备案与公示：若续签协议涉及重大变更（如期限延长），建议向主管部门备案，避免后续纠纷。
• 风险预案：若公建方拒绝续签，民非单位应制定退出计划，包括资产清算、人员安置等，减少损失。

5. 典型案例参考

• 案例1：某民非幼儿园与政府签订10年公建民营协议，到期后未续签但继续运营。政府起诉要求腾退，法院判决民非单位败诉，需支付占用费并搬离。
• 案例2：某民非医院协议到期后，与政府协商续签3年并备案，运营合法未受干预。

总结：公建民营协议到期后，民非单位需以“协议续签”或“公建方同意”为运营合法性的核心依据，同时确保许可证与实际运营一致。如有疑问，可直接向我咨询具体操作方案。