结论：农民工与包工头之间欠薪达成协议后，包工头不履行时，总包是否需要承担代偿责任，这主要取决于总包与包工头之间的法律关系以及相关法律法规的规定，一般情况下，若总包与包工头之间存在违法分包或转包情形，且总包未结清工程款，总包可能需承担代偿责任；若总包与包工头之间为合法分包或劳务关系，且总包已结清款项，则总包通常无需承担代偿责任。以下是对此问题的详细分析：
一、违法分包或转包情形下的代偿责任
法律依据：
- 根据《保障农民工工资支付条例》第三十条：“分包单位对所招用农民工的实名制管理和工资支付负直接责任。施工总承包单位对分包单位劳动用工和工资发放等情况进行监督。分包单位拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法进行追偿。工程建设项目转包，拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法进行追偿。”
分析：
- 若总包单位存在违法分包或转包给包工头的情形，且包工头拖欠农民工工资，根据上述法规，总包单位有义务先行清偿农民工工资，之后再向包工头进行追偿。
- 这种代偿责任是基于总包单位对分包单位或转包单位的监督责任以及保障农民工工资支付的特殊规定。
二、合法分包或劳务关系下的代偿责任
法律依据：
- 在合法分包或劳务关系中，总包单位与包工头之间通常签订有明确的合同，约定双方的权利和义务。
- 若总包单位已按照合同约定结清了工程款或劳务费，且没有违反相关法律法规的规定，则总包单位通常无需对包工头拖欠农民工工资的行为承担代偿责任。
分析：
- 在合法分包或劳务关系中，总包单位与包工头之间是平等的民事主体关系，双方的权利和义务由合同约定。
- 若总包单位已履行了合同约定的义务，且没有违反相关法律法规的规定，则其无需对包工头的违法行为承担责任。
三、实际操作中的建议
对于农民工：
- 在与包工头达成欠薪协议时，应尽量要求总包单位作为见证方或担保方在协议上签字或盖章，以增加协议的履行保障。
- 若包工头不履行协议，农民工应及时向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
对于总包单位：
- 在选择分包单位或劳务队伍时，应严格审查其资质和信誉情况，避免选择存在违法违规行为的单位或个人。
- 在与分包单位或劳务队伍签订合同时，应明确约定双方的权利和义务，特别是关于农民工工资支付的条款，以规避潜在的法律风险。
总结来说，农民工与包工头之间欠薪达成协议后，包工头不履行时，总包是否需要承担代偿责任取决于总包与包工头之间的法律关系以及相关法律法规的规定。在实际操作中，农民工和总包单位都应采取相应的措施来规避潜在的法律风险。若您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。