在卫生违法案件中，违法所得的认定是否扣除成本，需根据具体违法情形及法律规定来判断，一般不扣除成本，但特定情形下可能存在例外。以下从不同角度详细分析：
一、一般原则：违法所得不扣除成本
在大多数卫生违法案件中，违法所得的计算通常遵循“全部收入说”，即违法所得是指实施违法行为所取得的全部营业收入，不扣除任何成本或费用。这一原则体现了对违法行为的严厉打击态度，确保违法者无法通过扣除成本来规避法律责任。例如，在无证经营食品的情况下，违法所得就是销售食品所获得的全部收入，无论其采购成本、运输成本等是多少，均不予扣除。
二、特定情形下的例外：可能扣除成本
尽管一般原则是不扣除成本，但在某些特定情形下，法律或司法解释可能允许扣除一定的成本或费用。这些情形通常涉及违法行为的特殊性或复杂性，需要具体问题具体分析。例如：
医疗违法行为中的药品成本：在医疗违法行为中，如果涉及非法销售药品，且药品的采购成本能够清晰证明，那么在某些情况下，药品的采购成本可能会从违法所得中扣除。但这并非绝对，需要依据具体法律法规和司法解释来判断。
其他特定成本：在某些极其特殊的卫生违法案件中，如果违法者能够证明某些成本是直接且必然与违法行为相关的，且这些成本在违法所得中占据显著比例，那么法院或行政机关可能会考虑扣除这些成本。然而，这种情况非常罕见，且需要严格的证据支持。
三、法律建议与风险提示
保留证据：对于违法者而言，如果希望主张扣除成本，必须保留充分的证据来证明成本的存在及其与违法行为的直接关联性。这些证据可能包括采购合同、发票、运输单据等。
咨询专业律师：由于卫生违法案件的复杂性和多样性，以及法律法规的不断更新和完善，建议违法者在面临此类问题时及时咨询专业律师。律师可以根据具体案情和法律法规，为违法者提供准确的法律建议和辩护策略。
遵守法律法规：最重要的是，违法者应严格遵守卫生法律法规，避免从事任何违法行为。只有合法经营，才能确保企业的长期发展和个人的合法权益。
总结来说，在卫生违法案件中，违法所得的认定一般不扣除成本，但特定情形下可能存在例外。违法者应了解并遵守相关法律法规，保留充分证据以备不时之需，并在面临法律问题时及时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。