结论前置：下班途中被三方交通肇事受伤，在获得保险赔偿后，一般仍可以申请工伤认定，二者并不冲突。以下从不同角度为你详细分析：
从法律规定角度
根据《工伤保险条例》第十四条第六项规定，在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。只要你的情况符合这一规定，即是在下班途中，且在事故中承担非主要责任，那么就有资格申请工伤认定，与是否已经获得保险赔偿并无关联。
从保险赔偿与工伤认定关系角度
- 商业保险赔偿：如果你购买了商业意外险等保险，在下班途中遭遇交通事故受伤后获得了商业保险赔偿，这并不影响你申请工伤认定。因为商业保险是基于你与保险公司之间的保险合同关系进行的赔偿，而工伤认定是基于你与用人单位之间的劳动关系以及相关法律法规的规定。二者赔偿的依据和性质不同，所以商业保险赔偿后你依然可以申请工伤认定，享受工伤保险待遇。
- 交通事故责任方赔偿：如果交通事故是由第三方造成的，第三方对你进行了赔偿，这同样不影响你申请工伤认定。根据相关法律规定，由于第三人的原因造成工伤，第三人不支付工伤医疗费用或者无法确定第三人的，由工伤保险基金先行支付。工伤保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。也就是说，你可以既获得第三方的赔偿，又能享受工伤保险待遇，但医疗费用部分不能重复获赔。
申请工伤认定的流程及注意事项
- 申请流程
- 提出申请：用人单位应当在事故伤害发生之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。如果用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 提交材料：提出工伤认定申请应当提交下列材料：工伤认定申请表；与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。其中，工伤认定申请表应当包括事故发生的时间、地点、原因以及职工伤害程度等基本情况。
- 受理与调查：社会保险行政部门收到工伤认定申请后，会在15日内对申请人提交的材料进行审核，材料完整的，作出受理或者不予受理的决定；材料不完整的，会以书面形式一次性告知申请人需要补正的全部材料。社会保险行政部门受理工伤认定申请后，会根据审核需要可以对事故伤害进行调查核实，用人单位、职工、工会组织、医疗机构以及有关部门应当予以协助。
- 作出认定：社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定，出具《认定工伤决定书》或者《不予认定工伤决定书》。对受理的事实清楚、权利义务明确的工伤认定申请，社会保险行政部门会在15日内作出工伤认定的决定。
- 注意事项
- 及时申请：要注意申请工伤认定的时间限制，避免超过规定期限导致无法认定工伤。
- 保留证据：在事故发生后，要及时收集和保留相关证据，如交通事故责任认定书、医疗记录、证人证言等，这些证据对于工伤认定和后续的赔偿都非常重要。
如果你在申请工伤认定过程中遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。