公司违法辞退员工，而员工不离开时，公司首先应明确自身行为的违法性，并采取合法、合理的措施来妥善处理这一问题。以下是从不同角度给出的具体分析和建议：
一、公司行为的合法性审视
确认辞退决定的合法性：
- 公司需仔细审查辞退决定是否符合《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定。违法辞退可能包括无合法理由、未遵循法定程序或未支付应得的经济补偿等情形。
- 若辞退决定违法，公司应立即纠正，与员工协商恢复劳动关系或达成其他和解方案，以避免进一步的法律纠纷。
出具合法解除证明：
- 若公司坚持辞退，必须确保向员工出具合法的解除劳动合同证明书，明确解除的原因、日期及应办理的离职手续。但需注意，在违法辞退的情况下，此证明书可能无法作为合法依据。
二、与员工沟通协商
倾听员工意见：
- 安排与员工面谈，给予其充分表达意见和诉求的机会，了解其不愿离职的具体原因。
- 通过沟通，尝试找到双方都能接受的解决方案，如提供经济补偿、改善工作条件或协助寻找新工作等。
解释辞退原因（若合法）：
- 若辞退决定合法，公司应向员工清晰、诚实地说明辞退的具体原因，提供相关证据材料，以消除员工的疑虑和不满。
三、采取必要措施（在合法框架内）
书面通知与告知救济途径：
- 以书面形式正式通知员工被辞退的事实、理由（若合法）及离职日期，并要求其办理离职手续。通知书应明确、具体，并保留送达凭证。
- 在书面通知中告知员工对辞退决定有异议时的合法救济途径，如申请劳动仲裁或提起诉讼。
限制员工权限（谨慎操作）：
- 在合法合规的前提下，公司可考虑调整员工的工作环境或权限，如收回公司门禁卡、办公电脑等设备，限制其进入办公区域。但需注意，此举可能引发劳动争议，需谨慎操作，并确保不侵犯员工的合法权益。
寻求第三方协助：
- 邀请工会代表介入调解，从维护员工权益和企业和谐稳定的角度出发，协助双方沟通。
- 向劳动监察部门报告情况，寻求其监督和指导，以推动问题的合理解决。
四、法律手段与风险防范
应对可能的仲裁或诉讼：
- 若员工提起劳动仲裁或诉讼，公司应积极应对，按照法律程序提供相关证据，维护自身合法权益。
- 在此过程中，公司需确保所有行为均符合法律法规的规定，避免因违法操作而承担额外的法律责任。
经济赔偿风险防范：
- 公司应认识到违法辞退可能带来的经济赔偿风险，包括支付赔偿金、加班费、未休年假工资等。
- 为避免此类风险，公司应在辞退前充分评估辞退决定的合法性，并咨询专业律师的意见。
五、特殊情况处理
- 若员工行为构成侵权或违反治安管理：
- 若员工在拒绝离职期间实施了侵犯公司财产权、扰乱公司秩序等行为，公司可选择报警处理。
- 警方可根据实际情况进行调解或采取必要的法律措施，以确保公司秩序和安全。
总结与建议：
公司在处理违法辞退后员工不离开的问题时，应首先审视自身行为的合法性，并采取合法、合理的措施来妥善处理。通过沟通协商、书面通知、限制权限（谨慎操作）、寻求第三方协助及法律手段等步骤，公司可以在维护自身合法权益的同时，尽量减少对员工和公司运营的影响。若公司在此过程中遇到任何疑问或困难，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。