结论前置：当公司依法开除员工但员工拒绝离开时，公司应首先确保开除决定的合法性和程序的正当性，然后通过沟通协商、书面通知、报警处理、劳动仲裁及公示离职信息等步骤来妥善处理，以维护公司的正常运营秩序和合法权益。
详细处理方案
一、确保开除决定的合法性和程序的正当性
审查开除依据：
- 公司应确保开除决定符合《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如员工存在严重违反规章制度、严重失职、被依法追究刑事责任等情形。
- 检查所依据的事实是否确凿，相关规章制度是否经过民主程序制定并向员工公示。
遵循法定程序：
- 确认开除程序符合法律要求，包括是否提前通知员工（如适用）、是否经过工会程序（如果公司设有工会且适用）等。
- 例如，若员工因不胜任工作被开除，公司应确保已提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付了一个月工资。
二、沟通协商与书面通知
诚恳沟通：
- 与员工进行真诚的面对面沟通，清晰、客观地向其解释开除的具体原因，提供相关的事实依据和规章制度条款。
- 倾听员工的诉求和意见，给予他们充分表达自己想法的机会，尝试达成共识。
书面通知：
- 确保已经以书面形式正式通知员工解除劳动关系的决定，明确告知离职日期、离职手续以及办理离职的期限。
- 书面通知应通过正式方式送达，如挂号信、快递等，并保留送达凭证，以证明公司已履行通知义务。
三、应对员工拒绝离开的措施
限制员工权限：
- 根据公司规定，及时限制员工的工作权限，如收回门禁卡、工作账号密码等，以防止对公司业务和信息造成损害。
报警处理：
- 若员工在接到书面通知后仍然拒绝离开，且其行为构成非法侵入或扰乱公司正常运营，公司可选择报警处理。
- 警方可根据实际情况进行调解或采取必要的法律措施，以确保公司秩序。
劳动仲裁：
- 若员工认为开除决定违法，有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在此过程中，公司应提供充分证据证明开除决定的合法性和合理性。
- 同时，公司应明确告知员工，即使认为解雇不合法，也不能拒绝离开工作场所，这样的行为本身是不合法的，并可能面临法律责任。
公示离职信息：
- 在公司内部公示离职信息，明确员工已离职的状态，避免其他员工产生误解或混淆。
- 公示内容应客观、公正，避免对员工造成不必要的名誉损害。
四、预防未来纠纷的管理优化
完善规章制度：
- 明确界定“严重违纪”“不胜任工作”等条款，并通过民主程序公示，确保员工知晓并理解。
- 定期更新员工手册，增加“拒不离职的处理办法”等相关内容，为处理类似情况提供制度依据。
规范开除流程：
- 建立开除审批制度，由HR、法务、管理层多级审核，确保开除决定的合法性和合理性。
- 开除前进行背景调查，避免误伤受保护群体（如孕期女员工），减少法律风险。
建立离职缓冲机制：
- 提供职业过渡支持（如推荐信、行业资源对接），降低员工抵触情绪，促进和谐离职。
- 对高冲突风险的开除案件，考虑第三方调解机构介入，协助双方沟通协商，达成共识。
特殊场景提醒：若员工声称患病或怀孕等特殊情况，公司应立即暂停开除流程，待医疗期结束或孕期、产期、哺乳期结束后重新评估。同时，公司应密切关注员工的动态，避免员工利用特殊情况拖延离职或制造事端。
在处理此类情况时，公司应保持冷静和理性，避免激化矛盾。同时，要确保自身行为的合法性，遵循法定的程序和要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。