在行政诉讼中，若涉及补偿金额超过1000万，法院的判决会综合多方面因素来考量，核心结论是法院会依据事实和法律，公正、合理地判决补偿金额，不会单纯因金额超过1000万就有所偏向或改变判决原则。以下从几个关键角度展开说明：

1. 事实认定：法院首先会严格审查行政行为的合法性以及补偿请求的合理性。这包括对行政机关作出行政行为的依据、程序是否合法，以及补偿请求所基于的事实是否真实、充分等进行全面审查。例如，如果是因为行政机关的违法征收导致公民、法人或其他组织财产损失，法院会核实损失的具体范围和程度，包括直接损失和间接损失（在法律允许的范围内），而不会因为补偿金额可能超过1000万就忽视对事实的细致查证。
2. 法律依据：法院判决会严格依照相关法律法规进行。对于行政补偿，有具体的法律、法规和规章对补偿标准、范围等作出规定。比如，在土地征收补偿中，会依据《土地管理法》及其实施条例等相关规定，结合当地的补偿标准和实际情况来确定补偿金额。法院会确保判决结果符合法律规定的原则和精神，不会超出或低于法律规定的合理范围。即使补偿金额超过1000万，只要符合法律规定和事实情况，法院也会予以支持；反之，如果请求的补偿缺乏法律依据或超出法定范围，即使金额未达1000万，法院也不会支持。
3. 公平合理原则：法院在判决时会遵循公平合理的原则。这要求法院在审查行政补偿案件时，不仅要考虑行政相对人的合法权益，也要兼顾公共利益和社会公平。例如，在一些涉及公共设施建设的行政补偿案件中，虽然行政相对人因行政行为遭受了损失，但法院在判决补偿金额时，会综合考虑建设项目的公益性、对社会的贡献等因素，确保补偿结果既保障了相对人的合法权益，又不至于给公共财政造成过大的负担，实现公平与合理的平衡。
4. 证据规则：在行政诉讼中，证据是法院认定事实和作出判决的重要依据。对于补偿金额超过1000万的案件，当事人需要提供充分、有效的证据来支持自己的补偿请求。这包括证明财产损失的存在、损失的具体数额、损失与行政行为之间的因果关系等方面的证据。法院会根据证据规则对当事人提供的证据进行审查和认定，只有那些符合证据真实性、合法性、关联性要求的证据，才会被法院采纳并作为判决的依据。如果当事人无法提供足够的证据支持其高额补偿请求，法院可能会根据已有证据和实际情况，酌情确定合理的补偿金额。

总之，在行政诉讼补偿超过1000万的案件中，法院会以事实为依据，以法律为准绳，遵循公平合理原则和证据规则，公正、合理地判决补偿金额。如果你有具体的行政诉讼补偿问题或案例，欢迎直接向我咨询。