结论：公司因网站地图不完整被罚，是否可以追诉网站制作公司，需根据具体情况判断，主要取决于网站制作合同中的约定、网站制作公司的过错程度以及因果关系等因素。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：如果公司与网站制作公司签订的合同中明确约定了网站制作公司需确保网站地图的完整性，并且因网站地图不完整导致公司被处罚的，公司有权依据合同约定要求网站制作公司承担违约责任。此时，公司可以追诉网站制作公司，要求其赔偿因违约造成的损失，包括但不限于罚款、因处理处罚事宜产生的合理费用等。
合同中无明确约定：如果合同中没有明确约定网站制作公司需确保网站地图的完整性，或者约定不明确，那么公司追诉网站制作公司的难度会相对较大。但并非完全不能追诉，公司仍可以尝试从其他角度主张权利。
二、过错程度角度
网站制作公司存在过错：如果网站地图不完整是由于网站制作公司的过错导致的，例如设计疏忽、技术失误等，那么公司可以主张网站制作公司存在过错，并要求其承担相应的赔偿责任。此时，公司需要提供证据证明网站制作公司的过错与网站地图不完整之间存在因果关系。
网站制作公司无过错：如果网站地图不完整并非由于网站制作公司的过错导致，而是由于其他原因，如公司自身提供的信息不完整、第三方软件或插件的问题等，那么公司追诉网站制作公司的难度会较大。在这种情况下，公司可能需要自行承担部分或全部责任。
三、因果关系角度
存在直接因果关系：如果网站地图不完整直接导致了公司被处罚，且这种因果关系是显而易见的，那么公司追诉网站制作公司的成功率会相对较高。公司需要提供证据证明网站地图不完整与被处罚之间存在直接的因果关系。
不存在直接因果关系或因果关系难以证明：如果网站地图不完整与公司被处罚之间不存在直接的因果关系，或者因果关系难以证明，那么公司追诉网站制作公司的难度会较大。在这种情况下，公司可能需要考虑其他途径来解决问题，如与相关部门沟通、申请行政复议等。
四、法律建议
审查合同：公司应首先审查与网站制作公司签订的合同，明确合同中关于网站地图完整性的约定以及违约责任条款。
收集证据：公司应收集相关证据，包括网站制作合同、网站地图不完整的证据、被处罚的证据等，以证明网站制作公司的过错和因果关系。
协商与诉讼：在收集到足够证据后，公司可以尝试与网站制作公司进行协商，要求其承担相应的赔偿责任。如果协商无果，公司可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
预防未来风险：为了避免类似纠纷的再次发生，公司应在未来与网站制作公司签订合同时，明确约定网站地图的完整性要求以及违约责任条款，并加强对网站制作过程的监督和管理。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，公司在处理此类纠纷时，应根据实际情况灵活应对。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。