结论：已入编发现档案有问题，确实可能会影响工资发放，但具体影响程度需根据档案问题的性质和单位的管理规定来确定。以下从多个角度进行详细分析：
一、档案问题对工资发放的可能影响
档案信息不准确或缺失：
- 如果档案中的个人信息（如姓名、身份证号、学历、工作经历等）存在错误或缺失，单位在核算工资时可能无法准确识别员工身份，从而导致工资发放延迟或错误。
- 例如，若档案中记录的学历与实际不符，而单位根据学历设定了不同的工资标准，那么档案问题就可能导致工资计算错误。
档案材料不完整：
- 档案中应包含员工入职、晋升、调岗、奖惩等关键信息。如果这些材料缺失，单位在评估员工绩效或调整工资时可能缺乏依据，进而影响工资发放。
- 例如，若员工因工作表现突出应获得加薪，但档案中缺少相关奖励记录，单位可能无法及时调整工资。
档案审核流程问题：
- 有些单位在发放工资前会对员工档案进行审核。如果档案存在问题，如材料不全、信息不符等，审核流程可能会受阻，导致工资发放延迟。
二、应对档案问题的建议
及时与单位人事部门沟通：
- 一旦发现档案有问题，应立即与单位的人事部门取得联系，说明情况并寻求解决方案。
- 人事部门通常会指导员工如何补充或更正档案材料，以确保工资发放的准确性。
补充或更正档案材料：
- 根据人事部门的指导，及时补充或更正档案中的错误或缺失信息。
- 这可能包括提供相关证明材料、填写更正申请表等。
关注工资发放情况：
- 在档案问题解决后，应密切关注工资发放情况，确保工资按时、准确发放。
- 如果发现工资发放仍有异常，应及时与人事部门沟通并查明原因。
三、法律背景与依据
- 根据《中华人民共和国档案法》及相关规定，单位有义务妥善保管员工档案，并确保档案信息的真实、准确、完整。
- 如果因档案问题导致员工权益受损（如工资发放错误或延迟），员工有权要求单位承担相应的法律责任。
总结与建议：已入编发现档案有问题时，应高度重视并及时处理。档案问题确实可能影响工资发放，但通过与单位人事部门的积极沟通、补充或更正档案材料以及关注工资发放情况等措施，可以有效降低这种影响。如果问题复杂或难以解决，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。