结论：用人单位不可以收取员工的所有证件，这种行为是违法的。
法律背景与解释：
证件的归属与性质：员工的证件，如身份证、学历证书、职业资格证书等，均属于员工的个人物品，具有私密性和专属性。这些证件是员工个人身份和能力的证明，应由员工本人保管和使用。
用人单位的权限限制：根据相关法律法规，用人单位在招聘、用工过程中，有权要求员工提供必要的证件以进行核实和备案，但无权收取并保管员工的所有证件。用人单位的这一行为限制了员工对个人证件的支配权，侵犯了员工的合法权益。
违法行为的后果：如果用人单位擅自收取并保管员工的所有证件，员工有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位返还证件并承担相应的法律责任。同时，用人单位还可能因此面临行政处罚，如罚款等。
法律建议：
员工角度：如果遇到用人单位要求收取所有证件的情况，员工应坚决拒绝，并向用人单位说明相关法律法规，要求用人单位尊重员工的合法权益。如果用人单位坚持违法要求，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
用人单位角度：用人单位应严格遵守相关法律法规，不得擅自收取并保管员工的所有证件。在招聘、用工过程中，用人单位可以要求员工提供必要的证件进行核实和备案，但应确保员工的证件在核实后及时返还给员工，并妥善保管好员工的个人信息和资料。
可能的法律后果举例：
假设某用人单位擅自收取了员工的所有证件，并拒绝返还。员工因此向劳动监察部门投诉，劳动监察部门经过调查核实后，认定用人单位存在违法行为，并依法对用人单位进行了罚款处罚，同时责令用人单位立即返还员工的证件。
在极端情况下，如果用人单位的违法行为给员工造成了严重的损失或影响，员工还可以通过法律途径追究用人单位的民事责任，要求用人单位赔偿相应的损失。
综上所述，用人单位不可以收取员工的所有证件，这种行为是违法的。员工应坚决维护自己的合法权益，用人单位也应严格遵守相关法律法规，共同营造一个和谐、稳定的劳动关系环境。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。