结论：三轮车被鉴定为机动车后，是否应赔偿机动车车辆损失，需根据事故责任划分、保险情况以及是否存在免赔事由等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：

1. 事故责任划分：

   • 在交通事故中，责任的划分是确定赔偿义务的基础。如果三轮车驾驶员被认定为事故的全部或部分责任方，那么根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关司法解释，其应当承担相应的赔偿责任。这包括赔偿对方机动车的车辆损失，具体赔偿比例依据责任划分而定。
   • 例如，若三轮车驾驶员被认定为全责，则需全额赔偿对方机动车的车辆损失；若被认定为部分责任，如70%责任，则需按比例赔偿对方损失的70%。

2. 保险情况：

   • 如果三轮车已投保机动车交通事故责任强制保险（交强险）或商业第三者责任险，那么保险公司将在保险限额内承担赔偿责任。这可以大大减轻三轮车驾驶员的经济负担。
   • 需要注意的是，交强险有明确的赔偿限额，超出部分需由商业险或三轮车驾驶员自行承担。若三轮车未投保任何保险，则所有赔偿责任将由三轮车驾驶员自行承担。

3. 免赔事由：

   • 在某些情况下，即使三轮车驾驶员被认定为责任方，也可能存在免赔事由。例如，如果对方机动车驾驶员存在故意制造事故、酒后驾驶等违法行为，且这些行为与事故发生有直接因果关系，那么三轮车驾驶员可能因此免除或减轻赔偿责任。
   • 此外，如果三轮车驾驶员能够证明对方机动车的损失是由于不可抗力、意外事件等非自身原因造成的，也可能免除赔偿责任。但这种情况较为罕见，且需提供充分证据支持。

4. 三轮车是否属于合法上路车辆：

   • 如果三轮车因未取得合法上路资格（如未悬挂号牌、未取得驾驶证等）而被鉴定为机动车，并因此被认定为事故责任方，那么除了承担赔偿责任外，还可能面临行政处罚。但这并不影响其赔偿责任的承担。
   • 需要注意的是，即使三轮车属于合法上路车辆，但如果其驾驶员存在无证驾驶、酒后驾驶等违法行为，同样可能影响赔偿责任的承担。

建议：

• 在处理此类事故时，建议三轮车驾驶员首先报警并保护好现场，等待交警部门进行事故责任划分。
• 同时，及时联系保险公司并告知事故情况，以便保险公司及时介入处理赔偿事宜。
• 如果对事故责任划分或赔偿金额有异议，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自身合法权益。

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