结论：租赁公司房屋后自建部门，出租人收租金是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及租赁合同约定、自建部分的合法性以及是否侵犯出租人权益等因素。
分析：
租赁合同约定：
- 首先，需要查看租赁合同中是否有关于自建部分及其收益分配的明确约定。如果合同中明确规定了承租人可以自建并享有自建部分的收益，那么出租人收取租金的行为可能就不合法，因为这违反了合同约定。
- 反之，如果合同中没有相关约定，或者约定了自建部分及其收益归出租人所有，那么出租人收取租金就是合法的。
自建部分的合法性：
- 自建部分必须合法，即符合城市规划、建筑法规等相关规定。如果自建部分属于违章建筑，那么无论租赁合同如何约定，出租人收取租金都可能面临法律风险，因为违章建筑本身就不受法律保护。
- 此外，自建部分如果改变了房屋的结构或用途，也可能需要得到出租人的同意或相关部门的批准。未经同意或批准擅自改变，出租人收取租金同样可能不合法。
是否侵犯出租人权益：
- 即使自建部分合法且租赁合同中没有明确约定收益分配，出租人收取租金也可能因侵犯承租人权益而不合法。例如，如果自建部分显著增加了房屋的价值或使用功能，且承租人因此承担了额外的成本或风险，那么出租人单方面收取租金就可能构成不公平交易。
- 在这种情况下，承租人可以与出租人协商调整租金或寻求其他补偿方式。如果协商无果，承租人还可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
建议：
- 对于承租人而言，在租赁房屋前应仔细阅读租赁合同，特别是关于自建部分及其收益分配的条款。如有疑问或不明确之处，应及时与出租人沟通并达成书面协议。
- 在自建前，应确保自建部分符合相关法律法规和城市规划要求，并尽可能取得出租人的同意或相关部门的批准。
- 如遇出租人单方面收取租金且认为不合法的情况，承租人应保留好相关证据（如租赁合同、自建部分的相关证明文件等），并及时咨询专业律师以维护自己的权益。
可能后果：
- 如果出租人收取租金的行为被认定为不合法，出租人可能需要退还已收取的租金，并可能面临罚款或其他法律责任。
- 承租人如果因自建部分与出租人产生纠纷，可能会影响房屋的正常使用和租赁关系的稳定性。因此，双方应尽可能通过协商解决纠纷，以维护各自的合法权益。