结论：法院主持审理的调解书在停工留薪期内解除劳动关系是否合法，需根据具体情况判断，若调解书内容符合法律法规且不损害劳动者合法权益，则合法；反之，则可能违法。以下从不同角度进行详细分析：
一、停工留薪期的法律规定
停工留薪期是劳动者因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
二、调解书解除劳动关系的合法性分析
调解书内容合法性：
- 调解书作为法院主持下的法律文书，其内容必须符合法律法规的规定。若调解书中明确约定在停工留薪期内解除劳动关系，且该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害劳动者的合法权益（如未支付停工留薪期工资、未提供必要的医疗待遇等），则该调解书具有法律效力，解除劳动关系合法。
- 若调解书内容违反法律法规的强制性规定，或损害劳动者的合法权益（如未支付应得的工伤待遇、未给予足够的医疗期等），则该调解书可能被认定为无效或可撤销，解除劳动关系则可能违法。
劳动者权益保护：
- 在停工留薪期内，劳动者享有特殊的保护权益，包括原工资福利待遇不变、由所在单位按月支付等。若调解书解除劳动关系导致劳动者无法享受这些权益，则可能构成对劳动者权益的侵害，从而违法。
- 劳动者在停工留薪期内，若因工伤导致劳动能力下降或丧失，解除劳动关系还可能涉及劳动能力鉴定、工伤待遇支付等复杂问题。调解书若未妥善处理这些问题，也可能导致违法。
法院审查标准：
- 法院在主持调解时，会审查调解书内容是否合法、是否损害当事人合法权益。若调解书内容合法且不损害劳动者合法权益，法院会予以确认并出具调解书；若调解书内容违法或损害劳动者合法权益，法院会拒绝确认或要求修改。
三、建议与风险提示
对于劳动者：
- 在签订调解书前，务必仔细阅读调解书内容，确保自己的合法权益得到充分保障。
- 若对调解书内容有疑问或不满，应及时向法院提出异议或拒绝签订调解书。
- 在停工留薪期内，若遭遇用人单位违法解除劳动关系的情况，可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。
对于用人单位：
- 在签订调解书时，应确保调解书内容合法且不损害劳动者合法权益。
- 若需在停工留薪期内解除劳动关系，应提前与劳动者协商并达成一致意见，同时依法支付应得的工伤待遇和提供必要的医疗条件。
- 避免利用调解书规避法律法规的强制性规定或损害劳动者的合法权益。
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