结论前置：合同中约定加盖公司公章生效，但一方加盖了合同专用章，该合同在一般情况下仍然有效，但具体效力需结合合同内容、双方行为及法律规定综合判断。

详细分析：

1. 合同专用章的法律效力：

   • 合同专用章是专门用于签订合同的印章，其法律效力与公司公章在合同签订方面通常具有同等效力。根据《中华人民共和国民法典》及相关司法实践，只要合同专用章是真实、合法且由有权代表公司签订合同的人员加盖，该合同即对公司产生法律约束力。

2. 合同约定的公章与实际加盖的合同专用章：

   • 合同中约定加盖公司公章，但实际加盖了合同专用章，这并不必然导致合同无效。关键在于双方是否实际履行了合同义务，以及该合同是否符合法律、行政法规的强制性规定。如果合同内容合法、双方意思表示真实，且合同专用章的使用符合公司内部规定或行业惯例，那么该合同仍然有效。

3. 可能影响合同效力的因素：

   • 公司内部规定：如果公司内部有明确规定，合同必须加盖公司公章才生效，那么加盖合同专用章可能引发公司内部的争议或纠纷。但这并不影响合同对外的法律效力，除非第三方明知该内部规定且存在恶意。
   • 对方当事人的认知：如果对方当事人明知合同应加盖公司公章，但接受加盖合同专用章的合同，且未提出异议，那么可以视为双方对合同形式进行了变更或默认。
   • 合同履行情况：如果合同已经实际履行，且双方均未对合同效力提出异议，那么即使合同上加盖的是合同专用章，也不影响合同的效力。

4. 法律建议：

   • 对于加盖合同专用章的一方：如果担心合同效力问题，可以与对方协商补充加盖公司公章或出具书面确认文件，以明确合同效力。
   • 对于对方：如果收到加盖合同专用章的合同，且对合同效力有疑虑，可以要求对方提供公司授权使用合同专用章的证明文件或补充加盖公司公章。
   • 在争议解决时：如果双方就合同效力产生争议，可以寻求法律途径解决。法院或仲裁机构会根据合同内容、双方行为及法律规定综合判断合同效力。

进一步思考：在实际操作中，为了避免类似争议的发生，建议在合同中明确约定印章的使用规则或提供多种印章选择（如公司公章、合同专用章等）。同时，双方在签订合同时应仔细审查合同条款和印章使用情况，确保合同内容合法、有效且符合双方真实意思表示。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。