在工程预付款扣回的语境下，合同金额累计是否包含索赔和变更，这主要取决于合同双方的具体约定以及相关法律法规的适用情况。以下从不同角度进行分析：
合同约定优先：
- 在建设工程合同中，双方通常会就预付款的支付、扣回以及合同金额的计算方式等条款进行明确约定。如果合同中明确规定了合同金额累计包含索赔和变更，那么在计算预付款扣回时，就应当将这两部分纳入考虑范围。
- 反之，如果合同中没有明确约定，或者约定了不包含索赔和变更，那么在计算时就不应将其计入合同金额累计。
法律法规的适用：
- 在没有合同约定或者合同约定不明确的情况下，可以参照相关法律法规的规定。然而，就工程预付款扣回中合同金额累计是否包含索赔和变更的问题，现行法律法规并未给出直接、明确的规定。
- 因此，在这种情况下，更倾向于依据合同双方的实际交易习惯、行业惯例以及公平原则来进行判断。如果索赔和变更在行业内通常被视为合同金额的一部分，且双方对此无异议，那么可以认为它们应当被计入合同金额累计。
实际操作中的考虑：
- 在实际操作中，索赔和变更往往涉及复杂的法律关系和事实认定。例如，索赔可能涉及违约责任、损失计算等多个方面；变更则可能涉及工程量的增减、设计方案的修改等。
- 因此，在计算合同金额累计时，如果包含索赔和变更，就需要对这两部分进行详细的审查和评估，以确保计算的准确性和公正性。
法律建议：
- 为了避免纠纷和争议，建议在签订建设工程合同时，双方就预付款的支付、扣回以及合同金额的计算方式等条款进行明确、详细的约定。特别是要明确合同金额累计是否包含索赔和变更，以及如何计算和扣回这部分金额。
- 如果合同中没有明确约定或者约定不明确，双方可以协商补充协议或者依据行业惯例、公平原则等进行处理。在处理过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保处理的合法性和有效性。
可能后果：
- 如果合同金额累计的计算方式不明确或者存在争议，可能会导致预付款扣回的金额计算错误或者无法及时扣回，进而影响工程的进度和双方的合作关系。
- 在极端情况下，如果双方无法就合同金额累计的计算方式达成一致意见，可能会引发法律纠纷和诉讼，给双方带来不必要的经济损失和时间成本。
综上所述，工程预付款扣回中的合同金额累计是否包含索赔和变更，主要取决于合同双方的具体约定以及相关法律法规的适用情况。在签订合同时，建议双方就这一问题进行明确约定；在处理过程中，建议咨询专业律师的意见以确保合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。