核心结论：建筑公司以工抵房形式抵偿400万债务，但实际仅售出300万，需根据债务关系、房屋权属及合同约定分情况处理。以下是具体分析：

1. 若工抵房协议已明确抵偿400万债务

• 法律关系：工抵房本质是以房屋所有权转移抵销债务，属于代物清偿协议。若协议已生效（如房屋已过户或交付），则债务人（建筑公司）与债权人（如供应商、分包商）的400万债务即告消灭。
• 售房差额处理：
  • 若房屋实际价值为400万，但仅售出300万，剩余100万差额需由建筑公司自行承担（如以现金补足），除非协议中另有约定（如允许按实际售价结算）。
  • 若协议未约定售价与债务抵销比例，债权人可主张建筑公司未完全履行债务，要求补足差额或返还房屋。

2. 若工抵房协议未明确抵偿金额，或房屋未完成权属转移

• 法律风险：若房屋未过户或交付，工抵房协议可能未生效，债务仍以原形式（如工程款、货款）存在。此时售房300万可能被视为部分还款，剩余100万债务仍需清偿。
• 操作建议：
  • 立即补签协议，明确房屋售价与债务抵销比例（如300万售房款抵销部分债务，剩余100万另行约定还款方式）。
  • 若房屋未过户，需尽快完成过户手续，避免债权人主张协议无效或要求返还房屋。

3. 若涉及第三方购房人

• 购房人权益：若房屋已合法售出并过户至第三方，购房人已取得所有权，建筑公司无权要求返还房屋或调整售价。
• 债务处理：建筑公司需自行承担售价与债务的差额，或与债权人协商通过其他资产（如其他房产、设备）补足。

4. 税务与合规风险

• 税务处理：工抵房可能涉及增值税、土地增值税、企业所得税等。若售价低于市场价，税务机关可能核定计税依据，要求补缴税款。
• 合规建议：
  • 售房合同需明确约定售价、债务抵销条款及税务承担方。
  • 保留房屋评估报告、债务凭证等证据，以备税务稽查或诉讼使用。

行动建议

1. 审查工抵房协议：确认协议是否生效、抵偿金额是否明确、房屋权属是否转移。
2. 与债权人协商：若存在差额，协商补足方式（如现金、其他资产）或修改协议。
3. 完成房屋过户：若未过户，尽快办理以避免法律风险。
4. 咨询税务专业人士：确保售房税务处理合规，避免额外税负。

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