若建厂已经使用了耕地，可能涉及违法用地问题，需根据具体情况采取补救措施，具体如下：

1. 确认土地性质与用地审批情况
   首先需明确该耕地是否属于基本农田（根据《土地管理法》，基本农田受严格保护，未经批准不得占用）。若未依法办理农用地转用审批手续（如未取得自然资源部门出具的《建设用地规划许可证》《建设工程规划许可证》等），则属于违法用地行为。

2. 可能的法律后果

   • 行政处罚：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，可能面临责令退还土地、限期拆除建筑物、恢复土地原状，并处罚款（按非法占用土地面积每平方米100元至1000元标准）。
     
   • 刑事责任：若占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上，可能涉嫌《刑法》第三百四十二条规定的“非法占用农用地罪”，需承担刑事责任。
     
   • 民事赔偿：若因占地导致他人权益受损（如土地承包经营权人损失），需承担民事赔偿责任。

3. 补救措施建议

   • 立即停止施工：避免进一步扩大违法状态。
     
   • 补办审批手续：若符合土地利用总体规划，可向当地自然资源部门申请补办农用地转用审批手续，缴纳相关费用后合法使用土地。
     
   • 拆除或整改：若无法补办手续或占用基本农田，需自行拆除建筑物、恢复土地原状，以减轻处罚。
     
   • 协商补偿：若涉及他人土地权益，需与权利人协商补偿方案（如土地置换、经济补偿等）。

4. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若建厂行为发生在较早时期（如2004年《土地管理法》修订前），可能适用当时的政策，需结合地方性法规处理。
     
   • 政府主导项目：若为政府招商引资项目，可争取通过“调规”（调整土地利用规划）或“置换”等方式解决，但需严格履行法定程序。

行动建议：立即委托律师或土地专业机构核查土地性质、用地审批文件及当地政策，制定针对性整改方案。若涉及行政处罚或刑事风险，需同步准备陈述申辩材料或刑事辩护策略。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。