若机关单位节假日值班查岗时刚好不在，可按以下步骤处理：

1. 立即沟通解释：

   • 一旦发现自己因特殊原因（如临时外出处理紧急事务、身体不适等）在查岗时不在岗，应第一时间与单位负责查岗的领导或同事取得联系，说明具体情况和原因。
   • 沟通时保持诚恳态度，提供必要的证明材料（如就医记录、紧急事务处理的相关证据等），以证明自己不在岗的合理性。

2. 接受单位处理：

   • 根据单位的相关规章制度，接受因不在岗可能产生的相应处理，如批评教育、书面检讨等。
   • 若单位有明确的值班纪律和处罚规定，且自己的行为确实违反了这些规定，应虚心接受处罚，并表示将严格遵守今后的值班安排。

3. 预防未来风险：

   • 针对此次事件，反思自己在值班安排和执行过程中存在的问题，如是否提前与同事沟通好值班交接事宜、是否合理安排了个人时间等。
   • 制定改进措施，如设置提醒闹钟、提前规划好值班期间的活动安排等，以确保今后值班时能够按时到岗、认真履职。

4. 了解法律权益：

   • 虽然值班不在岗可能违反单位规定，但也要确保单位的处理措施合法合规，不侵犯自己的合法权益。
   • 如单位的处理措施过于严厉或存在不当之处，可以依据相关法律法规（如《劳动法》、《公务员法》等）与单位进行沟通协商，维护自己的合法权益。

额外建议：

• 在今后的值班安排中，尽量提前做好准备，确保能够按时到岗。如因特殊原因确实无法到岗，应提前向单位请假并说明原因，以便单位及时调整值班安排。
• 加强与同事之间的沟通和协作，共同维护好单位的值班秩序和工作环境。

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