针对事业单位值班不在岗的情况，单位应依据相关法律法规及规章制度，结合员工不在岗的具体原因和实际情况，进行妥善处理。以下是对此问题的详细解答：
一、处理原则
- 依法依规：处理过程必须严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》、《事业单位工作人员管理条例》等法律法规及单位规章制度。
- 公平公正：处理应公开透明，确保对所有员工一视同仁，不偏袒、不歧视。
- 事实清楚：在采取任何处理措施前，应全面调查核实员工不在岗的具体情况，确保证据确凿、事实清楚。
二、处理流程
调查核实：
- 通过考勤记录、监控视频、同事证言等方式，全面调查员工值班不在岗的情况。
- 与员工本人进行沟通，了解其不在岗的具体原因和去向。
听取申辩：
- 给予员工申辩的机会，充分听取其解释和意见。
- 如有必要，可要求员工提供相关证明材料。
作出处理决定：
- 根据调查结果和申辩情况，依法依规作出处理决定。
- 处理决定应明确处分种类、执行期限以及相应的经济处罚（如有）。
送达处理决定：
- 以书面形式将处理决定送达员工本人，并保留送达凭证。
- 确保员工了解并接受处理决定的内容。
执行处理决定：
- 员工应按照处理决定执行，包括接受处分、缴纳经济处罚等。
- 如有异议，员工可通过合法途径提出申诉。
三、具体处理方式
一般旷工：
- 对于初次或短期旷工者，进行批评教育，并口头或书面告诫，要求其改正。
- 按旷工天数扣减工资、奖金等福利待遇。
- 连续旷工超过一定天数（如15个工作日）或一年内累计旷工超限（如30个工作日），可给予警告、记过、降低岗位等级、撤职或开除等处分。
特殊情况：
- 如员工因涉嫌违法犯罪被限制人身自由，单位需待司法机关最终处理结果后决定后续处理方式。
- 员工因患病等特殊原因无法上班，应按单位规定办理请假手续并提供相应证明。经批准后按病假等相关规定处理；未经批准或手续不全者仍按旷工处理。
- 对于外出学习、培训等情况，应保留编制与待遇，支付工资及福利待遇，并要求员工定期汇报学习、培训情况。
四、注意事项
- 保护员工权益：在处理过程中，应重视员工的合法权益保护，确保处理过程人性化、合法化。
- 加强制度建设：单位应加强规章制度的学习和宣传，提高员工对规章制度的认识和遵守意识，避免类似情况再次发生。
- 合理规划编制：通过合理规划编制、拓宽岗位范围等方式，解决有编制没岗位的问题，确保员工能够正常履行工作职责。
综上所述，事业单位在处理值班不在岗的员工时，应严格遵循法律法规和单位规章制度，同时兼顾员工的实际情况和合理需求。通过合法的程序、合理的经济处罚、必要的纪律处分以及人性化的管理措施，确保处理的公正性和有效性，维护单位的正常秩序和员工的合法权益。