结论：合同履约保证金是否可以从已经支付的货款中扣除，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合同约定优先：
- 情况说明：在货物买卖合同中，双方可以自由约定合同履约保证金的支付方式、扣除条件等。如果合同中明确规定了履约保证金可以从已支付的货款中扣除，那么在满足约定条件的情况下，这种扣除是合法的。
- 法律建议：因此，在签订合同时，双方应明确约定履约保证金的支付和扣除方式，以避免后续纠纷。如果合同中已有相关约定，应严格按照约定执行。
无约定或约定不明时的处理：
- 情况说明：如果合同中没有明确约定履约保证金是否可以从已支付的货款中扣除，或者约定不明确，那么就需要依据相关法律法规和交易习惯来判断。
- 法律分析：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同履行过程中，当事人应当遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务。在没有约定或约定不明的情况下，双方可以协商补充约定；协商不成的，可以按照合同相关条款或者交易习惯确定。如果仍然无法确定，那么可能需要根据法律规定和公平原则来处理。
- 法律建议：在这种情况下，建议双方首先进行友好协商，尝试达成补充协议。如果协商不成，可以寻求法律途径解决，如通过诉讼或仲裁等方式来确定履约保证金的扣除方式。
扣除的合法性与合理性：
- 情况说明：即使合同中约定了履约保证金可以从已支付的货款中扣除，这种扣除也必须合法且合理。例如，扣除的原因必须是因为一方违约或未履行合同义务等合法事由。
- 法律分析：如果扣除的原因不合法或不合理，如一方无故要求扣除保证金，那么这种扣除可能构成违约或侵权行为，需要承担相应的法律责任。
- 法律建议：因此，在扣除履约保证金前，应确保扣除的原因合法且合理，并保留好相关证据以证明扣除的合法性。如果对方对扣除有异议，可以寻求法律途径解决。
进一步思考：在实际操作中，为了避免因合同履约保证金的扣除而引发的纠纷，建议双方在签订合同时就明确约定相关条款，包括保证金的支付方式、扣除条件、返还方式等。同时，在合同履行过程中，双方应保持良好的沟通，及时解决可能出现的问题。如果遇到复杂的法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。