结论：有加班却不签加班文件，这种行为是否合法，需分情况讨论。一般来说，如果加班是员工自愿且未违反公司规章制度，同时公司未强制要求加班文件，那么不签加班文件可能不违法；但如果加班是公司安排且涉及加班费支付等权益，不签加班文件可能影响员工权益的保障，此时公司行为可能存在违法风险。
分析说明：
自愿加班且未违反公司规定：
- 如果员工是自愿加班，且加班行为没有违反公司的规章制度，同时公司也没有明确要求员工必须签署加班文件，那么在这种情况下，不签加班文件可能并不构成违法。因为加班文件通常用于记录加班事实，作为计算加班费或调休的依据，但如果双方对加班事实无争议，且公司愿意按照实际加班情况支付加班费或安排调休，那么不签加班文件可能不会影响员工的权益。
公司安排加班且涉及权益保障：
- 如果加班是公司安排的，且涉及加班费的支付、调休的安排等员工权益，那么不签加班文件可能存在问题。因为加班文件是证明加班事实的重要证据，如果员工没有签署加班文件，一旦公司否认加班事实，员工可能难以证明自己的加班情况，从而影响加班费的索取或调休的安排。
- 根据《劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。如果公司未支付加班费或未安排调休，且员工没有加班文件作为证据，那么员工在维护自己权益时可能会面临困难。
特殊场景：
- 在某些特殊情况下，如紧急任务、突发事件等，公司可能要求员工立即加班且无法及时签署加班文件。这种情况下，虽然未签署加班文件，但员工的加班行为是合法的，且公司应当事后补签加班文件或采取其他方式确认加班事实。
行动建议：
- 对于员工：如果公司安排加班且要求签署加班文件，建议员工积极配合签署，以保障自己的权益。如果公司未要求签署加班文件，但员工担心加班事实无法证明，可以主动与公司沟通并要求签署加班文件或采取其他方式记录加班情况。
- 对于公司：建议公司建立完善的加班管理制度，明确加班的申请、审批、记录等流程，并要求员工签署加班文件以确认加班事实。这样既可以保障公司的管理秩序，也可以避免因加班事实无法证明而引发的劳动纠纷。
法律后果：
- 如果公司因未签署加班文件而拒绝支付加班费或安排调休，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的权益。在仲裁或诉讼过程中，加班文件将作为重要证据之一，用于证明加班事实的存在和加班时间的长度。
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