针对您提出的事业单位普通干部人员2016年参股办公司现已正常退休应如何处理的问题，这确实是一个涉及党政机关干部在职及退休后经商办企业定性的重要议题。以下是我结合相关法规和案例，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，党政机关干部，包括事业单位中的干部人员，在职及退休后经商办企业，一直是违反廉洁纪律的易发多发问题。部分干部可能对此类纪法要求理解不深、把握不准，甚至存在一些错误认识，比如认为只要不利用职权谋私、不影响本职工作，业余时间经商办企业就不属于违纪，或者认为退休后即可不受约束自主从业。然而，这些认识都是错误的，极易导致触碰纪律红线、受到严肃处理。

针对您提到的具体情况，即事业单位普通干部人员在2016年参股办公司，现已正常退休，我们需要从以下几个方面进行分析：

1. 在职期间参股办公司的行为：

   • 根据《中国共产党纪律处分条例》及相关规定，党政机关干部在职期间是严禁经商办企业的，这包括出资开办企业、持有非上市公司股份等直接或间接从事营利活动的行为。
   • 如果该干部在职期间参股办公司，那么这一行为已经构成了违纪，无论其是否利用职权谋私、是否影响本职工作。

2. 退休后参股办公司的处理：

   • 退休后，虽然干部已经离开了原工作岗位，但并不意味着可以随意经商办企业。特别是如果退休后仍然享受国家规定的退休待遇，那么其经商办企业的行为仍然需要受到严格约束。
   • 根据相关规定，退休干部在未放弃退休待遇的情况下经商办企业，应当认定为违纪。这一认定并不取决于其是否超出禁业期限、其从事的营利活动是否与原工作业务相关。
   • 此外，如果退休干部拟到本人原任职务管辖的地区和业务范围外的企业兼职（任职），必须事先向原所在单位党委（党组）报告，并按照规定程序征得相应的组织（人事）部门同意后，方可兼职（任职）。

3. 具体处理建议：

   • 针对该干部2016年参股办公司的行为，如果当时在职且未经批准，那么这一行为已经构成了违纪，应当依据相关规定给予党纪处分，并对其违纪所得予以收缴。
   • 针对其退休后仍然参股或继续经营公司的行为，如果未按照规定程序报告并征得同意，同样应当认定为违纪，并给予相应处理。
   • 如果该干部已经认识到自己的错误并愿意改正，可以主动向组织说明情况，配合组织进行调查处理，并主动上交违纪所得。

综上所述，党政机关干部在职及退休后经商办企业是一个严肃的问题，必须严格遵守相关法规和纪律要求。对于您提到的情况，建议该干部主动向组织说明情况，配合组织进行调查处理，并主动上交违纪所得，以避免受到更严重的纪律处分。同时，也提醒广大党政机关干部要增强纪律意识，严格遵守相关规定，切勿触碰纪律红线。