结论：在协议中约定“本协议经甲方、乙方分别加盖合同章或公章后生效”的情况下，签字本身并不直接导致协议生效，但签字可能作为双方达成合意的初步证据，在特定情况下可能影响协议的效力判断。协议的最终生效仍需满足加盖合同章或公章的条件。不过，若双方实际行为表明已接受协议内容，或法律、行政法规规定签字即可生效，则签字也可能使协议生效。
分析说明：
协议生效的约定条件：
- 协议中明确约定了生效条件，即“本协议经甲方、乙方分别加盖合同章或公章后生效”。这是双方对协议生效方式的明确约定，具有法律约束力。
- 在此约定下，加盖合同章或公章是协议生效的必要条件。未满足这一条件，协议原则上不会生效。
签字在协议生效中的作用：
- 签字本身并不直接导致协议生效，因为协议已明确约定了生效条件为加盖合同章或公章。
- 然而，签字可以作为双方达成合意的初步证据。在协议履行过程中，如果双方对协议内容存在争议，签字可能作为证明双方曾就协议内容达成一致的重要依据。
- 在某些特殊情况下，如双方实际行为表明已接受协议内容，或者法律、行政法规规定签字即可使协议生效（尽管这种情况较为罕见，且通常与特定类型的协议或交易有关），签字也可能成为协议生效的依据。
可能影响协议生效的其他因素：
- 实际履行行为：如果双方在未加盖合同章或公章的情况下已实际履行协议内容，且一方或双方未提出异议，这可能被视为双方以实际行为变更了协议的生效条件，从而使协议生效。
- 法律、行政法规的特别规定：某些特定类型的协议或交易可能受到法律、行政法规的特别规定，这些规定可能影响协议的生效方式。例如，某些即时结清的合同可能只需签字即可生效。
法律建议：
- 严格遵守协议生效条件：在签订协议时，应明确约定生效条件，并严格遵守。如果协议约定了加盖合同章或公章作为生效条件，那么双方应确保在协议上加盖相应的印章。
- 注意签字与盖章的效力区别：签字和盖章在法律上具有不同的效力。签字主要表明个人或法定代表人的意愿，而盖章则通常代表单位或组织的意愿。在签订协议时，应根据协议的性质和双方的需求选择合适的生效方式。
- 保留相关证据：在协议签订和履行过程中，应保留好与协议相关的所有证据，包括签字、盖章、实际履行行为等。这些证据在协议发生争议时可能起到关键作用。
后续行动：
- 如果您对协议的生效条件或签字、盖章的效力存在疑问，或者在实际操作中遇到了相关问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。