政府承包自然水域的合法性需分情况讨论，具体取决于承包目的、程序以及是否符合相关法律法规的规定。以下从不同角度为您详细分析：
承包目的合法性：
- 如果政府承包自然水域是为了进行公共利益相关的活动，如水利建设、生态保护、防洪排涝等，且这些活动符合法律法规的规定，那么这种承包行为通常是合法的。
- 然而，如果政府承包自然水域是为了进行商业开发，如养殖、旅游等，且未经过合法的程序审批，或者违反了相关法律法规关于自然水域保护的规定，那么这种承包行为可能是违法的。
承包程序合法性：
- 政府承包自然水域应当遵循公开、公平、公正的原则，通过招标、拍卖等合法方式确定承包人。如果承包程序存在瑕疵，如未进行公开招标、拍卖，或者存在暗箱操作等违法行为，那么承包行为的合法性将受到质疑。
- 此外，政府在承包自然水域前，还应当进行环境影响评价等程序，确保承包活动不会对自然水域的生态环境造成破坏。如果未履行这些程序，也可能影响承包行为的合法性。
相关法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国水法》等相关法律法规的规定，自然水域属于国家所有，由国务院代表国家行使所有权。政府作为国家的代表，有权对自然水域进行管理和利用，但必须遵守法律法规的规定，不得损害国家利益和社会公共利益。
- 如果政府承包自然水域的行为违反了相关法律法规的规定，如未经批准擅自承包、违反承包程序、损害生态环境等，那么相关责任人可能会面临法律责任，包括行政责任、民事责任甚至刑事责任。
建议：
- 如果您对政府承包自然水域的具体行为存在疑问，建议首先查阅相关的法律法规和政策文件，了解承包行为是否符合规定。
- 如果您认为政府承包自然水域的行为存在违法行为，可以向相关部门进行举报或投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
在处理此类问题时，请务必保持谨慎和理性，确保自己的行为符合法律法规的规定。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。