结论：退耕还林地里自然长出的珍贵树种砍伐是否违法，需根据具体情况判断，主要包括是否办理采伐许可证、是否符合采伐限额、是否属于保护树种及采伐方式是否合法等几个方面。

分析：

1. 采伐许可证的办理：

   • 根据《中华人民共和国森林法》的相关规定，采伐林木必须申请采伐许可证，按许可证的规定进行采伐。即使是自然生长的树木，也需遵循此规定。
   • 若未办理采伐许可证而擅自砍伐，即使树木是自然生长的，也可能构成违法行为，面临行政处罚甚至刑事责任。

2. 采伐限额的遵守：

   • 采伐林木必须遵守采伐限额的规定，不得超限额采伐。
   • 若砍伐的珍贵树种数量超过了当地规定的采伐限额，即使办理了采伐许可证，也可能因超限额采伐而违法。

3. 保护树种的特别规定：

   • 对于国家重点保护的珍贵树木，如红豆杉、珙桐等，其采伐受到更为严格的限制。
   • 未经国务院林业主管部门批准，不得采伐这些树种。若擅自砍伐，将构成严重违法行为，可能面临严厉的刑事处罚。

4. 采伐方式的合法性：

   • 采伐林木时，必须采取合理的采伐方式，避免对生态环境造成破坏。
   • 若采用破坏性的采伐方式，如滥砍滥伐、毁林开荒等，即使树木是自然生长的，也可能因破坏生态环境而违法。

建议：

• 咨询当地林业部门：在砍伐前，建议先咨询当地林业部门，了解相关法律法规和政策要求，确保砍伐行为合法合规。
• 办理采伐许可证：若需砍伐树木，应按照规定办理采伐许可证，并严格遵守许可证的规定进行采伐。
• 注意保护树种：对于国家重点保护的珍贵树木，应特别谨慎处理，避免擅自砍伐。
• 采取合理采伐方式：在采伐过程中，应采取合理的采伐方式，保护生态环境和森林资源。

后续行动：

• 若您已砍伐了退耕还林地里的珍贵树种，且未办理相关手续或违反了相关规定，建议尽快向当地林业部门报告情况，并主动接受处理。
• 若您计划砍伐此类树木，请务必先咨询我或当地林业部门，了解具体要求和流程，确保砍伐行为合法合规。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。