土地买卖合同协议书在法律上是否起到作用，关键在于合同的具体内容以及是否遵循了相关法律规定。以下是对此问题的详细分析：
一、土地所有权与使用权的区分
土地所有权：
- 在我国，土地所有权归国家或集体所有，个人不得进行买卖。因此，任何直接涉及土地所有权转让的协议均属无效，不具有法律约束力。
土地使用权：
- 土地使用权是可以依法进行流转的，包括土地承包经营权的转包、出租、互换、转让，以及国有土地使用权的出让和转让。因此，涉及土地使用权转让的协议，在符合法定条件时，是具有法律效力的。
二、土地使用权转让协议的合法性及有效性
（一）合法交易的前提
- 土地使用权转让必须基于合法的土地来源，且转让方需具备完整的土地使用权证书及相应的处分权。
- 双方需在平等、自愿的基础上协商一致，并签订书面协议。
（二）协议内容的要求
- 协议中应明确土地的位置、面积、用途、价格、付款方式、交付时间、违约责任等关键条款。
- 协议内容应符合相关法律法规的规定，不得违反国家强制性法律条文或政策导向。例如，不得改变土地用途，将农用地未经合法审批用于非农业建设。
（三）审批与登记程序
- 土地使用权转让协议在签订后，通常需经过相关政府部门的审批和登记手续，以确保交易的合法性和有效性。
- 未经审批和登记的土地使用权转让协议，可能面临被认定为无效的风险。
三、不同土地类型下的具体规定
（一）集体土地
- 承包经营权流转：农户之间可以依法进行土地承包经营权的流转，但需符合法律规定的条件和程序，如签订书面合同、经过发包方备案等。
- 宅基地使用权转让：宅基地使用权在本集体经济组织内部成员之间可以转让，但向外部成员转让通常会被认定无效，除非符合特定条件并经过相关部门批准。
（二）国有土地
- 出让环节：土地使用者与市、县人民政府自然资源主管部门签订的国有建设用地使用权出让合同具有法律效力，双方需严格履行合同约定。
- 转让环节：土地使用者取得土地使用权后，在符合法定条件的情况下，可以与他人签订土地使用权转让合同，该合同同样具有法律效力。但需注意，转让合同需报相关政府部门审批或备案。
四、实际案例与风险提示
在实际操作中，因未遵循法律规定或协议内容不明确而导致的土地买卖合同纠纷屡见不鲜。例如，有的协议未明确土地用途，导致后续使用过程中违反规划；有的协议未经过审批和登记，被认定为无效；还有的协议因一方欺诈、胁迫等手段签订，导致合同无效或可撤销。
因此，在签订土地买卖合同协议书前，务必充分了解相关法律法规和流程，确保交易的合法性和顺利进行。具体来说：
- 核实土地性质：确认土地是集体所有还是国有，以及土地使用权的具体类型和期限。
- 审查转让方资格：确认转让方是否具备完整的土地使用权证书及相应的处分权。
- 明确协议内容：确保协议中包含所有关键条款，并符合法律法规的规定。
- 办理审批和登记手续：按照规定的程序办理相关手续，确保交易的合法性和有效性。
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