结论：劳动仲裁调解书中以申请人自动放弃住房公积金的请求不予返还，这一做法的合法性需分情况讨论，一般情况下，若该放弃请求是申请人真实意思表示且不违反法律法规强制性规定，则该条款合法有效；但若存在欺诈、胁迫或违反法律法规强制性规定等情形，则该条款可能被认定为无效。
分析说明：
真实意思表示且合法合规的情形：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关法律法规，劳动仲裁调解书是双方当事人在仲裁庭主持下，自愿达成的解决劳动争议的协议。
- 若申请人在调解过程中，出于自身考虑，真实、自愿地放弃了住房公积金的请求，并且这一放弃行为没有违反法律法规的强制性规定（如住房公积金的缴纳是法定义务，但放弃已缴纳部分的返还请求并不直接违反法律），则该放弃请求在调解书中被确认是合法有效的。
存在欺诈、胁迫或违反法律法规强制性规定的情形：
- 如果申请人在调解过程中，受到欺诈、胁迫或存在重大误解等情形，导致非真实意思表示地放弃了住房公积金的请求，那么该条款可能因违反《中华人民共和国民法典》中关于民事法律行为效力的规定（如欺诈、胁迫导致的民事法律行为可撤销）而被认定为无效。
- 另外，如果放弃住房公积金的请求违反了法律法规的强制性规定（尽管这种情况较为罕见，因为住房公积金的缴纳本身是法定义务，但放弃返还请求通常不直接涉及此），那么该条款也可能因违法而无效。
后续行动建议：
对于申请人：
- 如果认为自己在调解过程中受到欺诈、胁迫或存在重大误解，导致非真实意思表示地放弃了住房公积金的请求，可以在法定期限内向人民法院申请撤销该调解书或就该部分请求重新提起仲裁或诉讼。
- 如果确认放弃请求是真实意思表示且合法合规，那么应当遵守调解书的约定，不再就该部分请求提出异议。
对于用人单位：
- 应当确保在调解过程中，尊重申请人的真实意思表示，不得采用欺诈、胁迫等手段迫使申请人放弃合法权益。
- 如果调解书已经生效且合法有效，用人单位应当按照调解书的约定履行义务，包括不再就申请人已放弃的住房公积金请求进行争议。
特殊场景提醒：
- 住房公积金的缴纳是法定义务，用人单位和劳动者均应当遵守。但劳动者在调解过程中放弃已缴纳部分的返还请求，并不直接等同于放弃未来住房公积金的缴纳或相关权益。因此，在调解过程中，双方应当明确各自的权利和义务，避免产生误解或纠纷。
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