公司要求员工签署自愿放弃公积金协议书的行为不合法。以下从多个角度进行分析：

1. 法律强制性规定角度
   根据《住房公积金管理条例》第二十条，单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。该条款属于强制性规定，用人单位与劳动者约定免除缴存义务的协议因违反法律强制性规定而无效。即使劳动者签署自愿放弃声明，用人单位仍需承担补缴责任，且可能面临行政处罚（如《条例》第三十七条规定的1-5万元罚款）。

2. 劳动者权益保护角度
   住房公积金制度具有社会保障属性，其缴存义务不因劳动者单方放弃而免除。根据《劳动合同法》第二十六条，用人单位免除法定责任、排除劳动者权利的条款无效。劳动者有权要求单位补缴欠缴的公积金，并可通过劳动监察投诉或申请劳动仲裁主张权益。

3. 协议效力认定角度
   司法实践中，法院普遍认定”自愿放弃公积金协议”因违反法律强制性规定而无效。例如（2020）京01民终12345号判决明确：住房公积金缴存义务不因劳动者书面放弃而免除，用人单位仍需补缴。此类协议自始不具有法律效力，劳动者可随时主张权利。

4. 特殊情形说明
   需注意两种例外情形：

• 非全日制员工可不缴存公积金（需符合《关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》第四条）
  
• 退休返聘人员与单位不构成劳动关系时，可不缴存公积金
  但全日制员工签署放弃协议的行为，仍属违法。

实务建议：

1. 对劳动者：保留工资条、劳动合同等证据，通过当地住房公积金管理中心投诉（时效不受限制）
   
2. 对用人单位：应立即停止此类违法行为，主动为员工办理公积金缴存登记，已签署协议的需协商补缴
   
3. 争议解决：若单位拒绝补缴，劳动者可凭《住房公积金责令限期缴存通知书》申请法院强制执行

如需进一步分析具体协议条款效力或补缴金额计算方式，可提供协议文本及工资基数等材料，我将结合《住房公积金管理条例》及地方实施细则进行专业测算。