结论：一式两份的协议，如果只有一方签字，其生效性需根据具体情况来判断。在一般情况下，只要协议内容真实、合法，且签字方具备完全民事行为能力，该协议在签字方之间通常有效。但在特殊情况下，如法律或协议本身有特别要求，则可能影响协议的生效。
一般情况下的协议生效条件
签字方具备完全民事行为能力：
- 签字方必须能够理解协议的内容和后果，并独立进行意思表示。例如，完全民事行为能力人可以独立签订合同；而限制民事行为能力人签订的合同，除非是纯获利益或与年龄、智力相适应的，否则需要法定代理人同意或追认。
意思表示真实：
- 协议必须是签字方真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如果存在这些情形，受影响的一方有权请求法院或仲裁机构撤销协议。
协议内容合法：
- 协议内容必须合法，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。违反法律规定的协议将无效。
签字具有法律效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，签字、盖章、按指印在法律上具有同等效力。因此，只要当事人在协议上签字，即使未盖章，协议也可成立并生效（除非有特殊约定或法律规定）。在一式两份的协议中，如果只有一方签字，但另一方已经实际履行了协议中的主要义务，且签字方接受，那么该协议在双方之间仍然有效。
特殊情况下的协议生效条件
法律或行政法规的特殊要求：
- 如果法律或行政法规明确规定合同必须加盖公章才能生效，或者对合同的签字形式有特定要求，那么仅签字可能不足以使协议生效。特别是在金融、国有资产转让等领域，可能有更严格的形式要求。
协议中的特殊约定：
- 如果协议中明确约定“本协议自双方签字并盖章之日起生效”，或者有其他类似的生效条件，那么仅签字而不满足其他条件将导致协议不生效。因为当事人可以通过约定来确定合同生效的条件，这种约定对双方具有法律约束力。
法律建议
- 仔细审查协议内容：在签订协议前，务必仔细审查协议内容，确保协议内容真实、合法，并符合双方的意愿。
- 明确生效条件：如果协议中有特殊的生效条件，如需要双方签字并盖章、需要经过特定形式的鉴证或公证等，务必在签订前明确并满足这些条件。
- 保留证据：在协议签订和履行过程中，保留好相关证据，如签字文件、履行凭证等，以备不时之需。
总结：一式两份的协议只有一方签字，其生效性取决于多种因素。在一般情况下，只要满足基本的生效条件，协议在签字方之间通常有效。但在特殊情况下，如存在法律或协议的特别要求，则需要进一步考虑这些因素。如果你对协议的生效性有疑问，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。