结论：在找不到当事人笔迹，但协议上甲乙双方都是同一人签字的情况下，该签字能否作为证据，取决于多种因素，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
签字真实性的认定：
- 真实签字：如果能够证明协议上的签字确实是当事人本人所签，即使找不到其他笔迹样本进行比对，该签字仍然可以作为证据。此时，可能需要通过其他证据（如证人证言、交易习惯、双方之前的沟通记录等）来佐证签字的真实性。
- 伪造签字：如果签字是伪造的，那么该签字显然不能作为有效证据。在这种情况下，可能需要通过笔迹鉴定、电子数据鉴定（如果签字是电子形式）或其他技术手段来证明签字的伪造性。
协议内容的合法性与有效性：
- 合法内容：即使签字是真实的，如果协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么该协议也是无效的。因此，在评估签字能否作为证据时，还需要考虑协议内容的合法性。
- 有效协议：如果协议内容合法，且签字真实，那么该签字通常可以作为证明协议存在和双方意思表示一致的证据。
证据的充分性与关联性：
- 充分性：在法律程序中，证据需要足够充分以支持某一事实或主张。如果只有签字作为证据，而没有其他佐证材料，可能不足以证明协议的全部内容或双方的真实意图。
- 关联性：证据还需要与待证事实具有关联性。如果签字与协议内容、交易背景等无关，那么该签字可能无法作为有效证据。
实践中的操作建议：
- 收集其他证据：在可能的情况下，尽量收集其他与协议相关的证据，如交易记录、沟通记录、证人证言等，以增强证据的充分性和关联性。
- 申请笔迹鉴定：如果对签字的真实性有疑问，可以考虑申请笔迹鉴定来确认签字的真实性。
- 咨询专业律师：在处理涉及合同纠纷的法律问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为有效需要具备行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定和不违背公序良俗等条件。
- 在证据认定方面，法院会根据证据的充分性、关联性和合法性来综合判断证据的效力。
建议：
- 如果您面临类似情况，建议首先收集所有可能的证据材料，包括协议本身、交易记录、沟通记录等。
- 考虑咨询专业律师以评估证据的充分性和关联性，以及协议内容的合法性。
- 如果需要，可以申请笔迹鉴定或其他技术手段来确认签字的真实性。
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