还款备注成往来款，一般不影响还款本身的法律效力，但可能对款项性质认定产生影响，进而影响相关法律关系和权益，具体需分情况讨论：
一、对还款本身效力的影响
- 还款行为的有效性：还款备注成往来款，并不改变还款这一行为本身的性质。只要还款行为是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么还款行为就是有效的。备注信息只是对款项用途的一种说明，并不影响还款行为的法律效力。
- 证据效力：在诉讼或仲裁中，还款凭证（如转账记录）是证明还款事实的重要证据。即使备注为往来款，只要转账记录等证据能够清晰显示还款的时间、金额和收款人等信息，就可以作为证明还款事实的依据。
二、对款项性质认定的影响及应对措施
可能引发的争议：将还款备注为往来款，可能引发关于款项性质的争议。例如，在借贷关系中，如果借款人将还款备注为往来款，出借人可能会主张该款项并非还款，而是其他性质的往来款，从而要求借款人继续履行还款义务。
应对措施：
- 明确款项性质：在还款时，最好在备注中明确写明“还款”字样，以避免引发不必要的争议。如果已经备注为往来款，可以通过其他方式（如书面协议、聊天记录等）来明确款项的性质。
- 保留相关证据：除了转账记录外，还应保留与还款相关的其他证据，如借款合同、收据、聊天记录等。这些证据可以帮助证明还款的事实和款项的性质。
- 及时沟通协商：如果因备注问题引发争议，应及时与对方沟通协商，寻求解决方案。如果协商不成，可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径来解决争议。
三、特殊情况下的处理
- 恶意备注：如果一方故意将还款备注为往来款，以逃避还款义务或达到其他不正当目的，这种行为可能构成欺诈或恶意串通等违法行为。在这种情况下，受损方可以通过法律途径来维护自己的权益。
- 涉及第三方权益：如果还款涉及第三方的权益（如担保人、共同借款人等），备注信息可能会对第三方的权益产生影响。在这种情况下，应谨慎处理备注信息，并确保所有相关方的权益得到保障。