自然人共同约定借用公司资质投标的协议一般是无效的。以下从几个角度进行详细分析：
一、法律背景与规定
《中华人民共和国招标投标法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第五十四条：“投标人以他人名义投标或者以其他方式弄虚作假，骗取中标的，中标无效，给招标人造成损失的，依法承担赔偿责任；构成犯罪的，依法追究刑事责任。” 借用公司资质投标，本质上就是以他人名义投标，属于弄虚作假的行为，因此中标无效，且可能面临法律责任。
《中华人民共和国合同法》（现《中华人民共和国民法典》合同编）的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。” 借用资质投标的协议，违反了招标投标法的强制性规定，因此是无效的。
二、协议无效的法律后果
中标无效：
- 如前所述，由于借用资质投标违反了招标投标法的规定，因此中标结果将被视为无效。这意味着，即使自然人通过借用资质成功中标，也无法获得合法的合同权益。
赔偿责任：
- 如果借用资质投标的行为给招标人造成了损失，自然人（或实际投标人）需要依法承担赔偿责任。这包括赔偿招标人因重新招标而产生的费用、因项目延误而产生的损失等。
行政处罚与刑事责任：
- 除了民事责任外，借用资质投标的行为还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。在严重的情况下，还可能构成犯罪，如串通投标罪等，需要承担刑事责任。
三、特殊情况与少数观点
虽然一般情况下借用资质投标的协议是无效的，但也存在一些特殊情况或少数观点认为，在某些特定条件下，该协议可能具有一定的法律效力。然而，这些情况通常非常罕见，且需要满足严格的法律条件。例如，如果借用资质的行为并未对招标结果产生实质性影响，或者招标人明知并同意借用资质的情况等。但在大多数情况下，这些特殊情况并不成立，因此协议仍然是无效的。
四、法律建议
避免借用资质投标：
- 自然人应遵守法律法规，避免参与借用资质投标的行为。这不仅是为了避免法律责任，也是为了维护市场的公平竞争和诚信环境。
寻求合法途径参与投标：
- 如果自然人希望参与投标活动，应通过合法途径进行。例如，可以成立自己的公司或加入已有的合法公司，以公司的名义参与投标。
咨询专业律师：
- 在涉及复杂的法律问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和指导，帮助自然人避免法律风险。不过，在这里你已经直接向我咨询了，我会尽我所能为你提供专业的法律帮助。
综上所述，自然人共同约定借用公司资质投标的协议一般是无效的。这不仅违反了法律法规的强制性规定，还可能面临严重的法律后果。因此，建议自然人遵守法律法规，避免参与此类行为。如果你还有其他关于公司法务或经营管理方面的问题，欢迎随时向我咨询。