总公司与自然人签订协议成立分公司，一般不属于借用资质的情形，且该协议在符合法律规定的情况下是有效的。以下从不同角度进行详细分析：
一、关于借用资质的认定
借用资质通常指的是没有相应资质或资质等级不够的单位或个人，通过挂靠、租赁、承包等形式，使用有资质或资质等级高的单位的名义承接工程或业务，并支付一定的管理费或挂靠费。在总公司与自然人签订协议成立分公司的情况下，如果自然人并非以总公司的名义对外承接业务，而是作为分公司的一员参与经营，且分公司本身并不具备独立的法人资格，而是总公司的分支机构，那么这种情况通常不被认定为借用资质。因为分公司的一切经营活动均由总公司负责，其民事责任也由总公司承担。
二、协议的有效性
合同主体资格：
- 总公司作为法人，具有签订合同的主体资格。
- 自然人作为具有完全民事行为能力的个体，也具有签订合同的主体资格。
- 因此，从合同主体资格的角度来看，总公司与自然人签订协议成立分公司是合法的。
合同内容合法性：
- 协议内容应明确双方的权利和义务，包括分公司的经营范围、管理方式、利润分配等。
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害社会公共利益。
- 如果协议内容合法、合规，且双方意思表示真实，那么该协议就是有效的。
合同形式要件：
- 协议应以书面形式签订，并由双方签字或盖章确认。
- 书面形式有助于明确双方的权利和义务，避免口头协议可能带来的纠纷。
三、可能存在的法律风险及防范
分公司管理风险：
- 总公司应加强对分公司的管理，确保分公司的经营活动符合法律法规和总公司的规章制度。
- 总公司应建立健全分公司的内部控制制度，防范分公司可能出现的经营风险。
自然人身份风险：
- 如果自然人作为分公司负责人或关键岗位人员，其个人行为可能对分公司乃至总公司产生重大影响。
- 总公司应对自然人的身份、背景、信用状况等进行充分调查，确保其具备担任相应职务的资格和能力。
协议履行风险：
- 双方应严格按照协议约定履行各自的权利和义务，避免出现违约行为。
- 如出现违约情况，双方应协商解决；协商不成的，可依法通过诉讼或仲裁等方式解决纠纷。
建议：在签订协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策要求，确保协议内容合法、合规；在协议履行过程中，双方应加强沟通与协作，共同维护分公司的正常经营秩序。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。