结论：租用厂房二楼从事商业经营，若涉及违法行为，具体由城管还是自然资源局处罚，需根据违法行为的性质来确定。一般来说，城管负责城市管理方面的违法行为，而自然资源局则负责与土地、规划等相关的违法行为。

详细分析：

1. 城管处罚的情形：

   • 城管，即城市管理行政执法局，主要负责城市管理方面的行政执法工作。这通常包括市容环境卫生、城市规划管理（如无证建设、乱搭乱建等）、城市绿化管理、市政公用管理、环境保护管理等方面的违法行为。
   • 如果您在租用的厂房二楼从事商业经营时，违反了上述城市管理方面的规定，如未经批准进行装修、搭建，或者经营过程中产生了噪音、污染等影响市容环境的问题，那么城管部门有权对您进行处罚。

2. 自然资源局处罚的情形：

   • 自然资源局（原国土资源局）主要负责土地、矿产、森林、草原、水等自然资源的保护和合理利用，以及城乡规划等方面的管理工作。
   • 如果您在租用的厂房二楼从事商业经营时，涉及了未经批准改变土地用途、违反城乡规划进行建设等违法行为，那么自然资源局有权对您进行处罚。例如，如果厂房原本规划为工业用地，但您未经批准将其用于商业经营，这就可能构成改变土地用途的违法行为。

3. 其他可能的处罚部门：

   • 除了城管和自然资源局外，根据违法行为的性质，还可能涉及其他部门的处罚。例如，如果您的商业经营活动违反了消防安全规定，那么消防部门有权进行处罚；如果违反了市场监管方面的规定，如无照经营、销售假冒伪劣产品等，那么市场监管部门有权进行处罚。

建议：

• 在租用厂房二楼从事商业经营前，务必了解并遵守相关法律法规和规划要求，确保经营活动的合法性。
• 如果遇到处罚问题，首先弄清楚处罚的具体原因和依据，然后根据实际情况与相关部门进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
• 如有需要，可以向我咨询具体的法律问题和应对策略，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。