双方签订的内部承包协议，在符合法律规定的情况下起诉是有效的。以下从多个角度为你详细分析：

一、协议本身的合法性是起诉有效的基础

1. 协议内容合法：内部承包协议若内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且是双方真实意思的表示，那么该协议就是合法有效的。例如，协议中约定的承包范围、承包期限、承包费用、双方的权利义务等条款，都应当符合相关法律法规的规定。
2. 签订程序合法：协议的签订应当遵循一定的程序，如双方应当具有相应的民事行为能力，协议应当经过双方协商一致，且不存在欺诈、胁迫等情形。如果协议签订程序存在瑕疵，可能会影响协议的效力，但并不一定直接导致起诉无效。在诉讼过程中，法院会对协议的签订程序进行审查，如果程序违法且影响了协议的公正性，法院可能会认定协议无效或部分无效。

二、起诉的条件和程序

1. 起诉条件：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须符合以下条件：原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实、理由；属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。只要内部承包协议纠纷符合这些条件，就可以向法院提起诉讼。
2. 起诉程序：起诉时，原告需要向法院提交起诉状，并按照被告人数提出副本。起诉状应当记明下列事项：原告的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所、联系方式，法人或者其他组织的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务、联系方式；被告的姓名、性别、工作单位、住所等信息，法人或者其他组织的名称、住所等信息；诉讼请求和所根据的事实与理由；证据和证据来源，证人姓名和住所。法院在受理起诉后，会依法进行审理，并作出判决。

三、可能影响起诉有效性的因素

1. 协议效力争议：如果双方对内部承包协议的效力存在争议，如认为协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，或者协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，那么可能会影响起诉的有效性。在这种情况下，法院会对协议的效力进行审查，并作出认定。
2. 诉讼时效问题：根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。如果原告在诉讼时效期间内未提起诉讼，且不存在诉讼时效中断、中止等情形，那么被告可能会提出诉讼时效抗辩，导致原告丧失胜诉权。

四、建议

1. 在签订内部承包协议时，务必确保协议内容合法、签订程序合法，以避免后续纠纷和诉讼风险。
2. 在发生纠纷后，及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及诉讼的可能结果和风险。
3. 注意诉讼时效问题，确保在诉讼时效期间内提起诉讼，以维护自己的合法权益。

如果你在内部承包协议方面遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。