关于三方协议自己盖章是否会被学校查出来的问题，这主要取决于学校对就业协议的审核流程和管理方式。
首先，我们需要明确的是，三方协议是毕业生、用人单位和学校三方共同签署的就业协议，它具有一定的法律效应，也是学校进行就业统计和档案派遣的重要依据。因此，学校通常会对就业协议的签署情况进行严格的审核。
如果学校对就业协议的审核流程较为严格，那么自己私自盖章的行为很可能会被学校发现。因为学校在审核过程中，除了会核对协议上的基本信息是否准确无误外，还可能会通过电话、邮件或其他方式与用人单位进行确认，以核实协议的真实性和有效性。如果学校发现协议上的盖章并非用人单位的真实印章，或者协议内容存在虚假情况，那么学校很可能会拒绝认可这份协议，并可能对毕业生进行相应的处理。
如果学校对就业协议的审核流程相对宽松，虽然自己私自盖章的行为被直接查出的可能性较小，但这也并不意味着可以随意操作。因为一旦后续出现问题，如用人单位不承认协议、档案派遣出现错误等，毕业生仍然需要承担相应的责任和后果。
建议：
遵守规定：毕业生应该严格遵守学校的就业规定和流程，不要私自更改或伪造就业协议。如果确实需要更改或补充协议内容，应该及时与学校和用人单位进行沟通，并按照规定的流程进行操作。
保持诚信：诚信是就业过程中非常重要的品质。毕业生应该如实填写就业信息，不要提供虚假材料或隐瞒真实情况。这样不仅可以维护自己的声誉和信誉，还可以为未来的职业发展打下良好的基础。
及时沟通：如果在就业过程中遇到任何问题或困难，毕业生应该及时与学校和用人单位进行沟通。学校通常会提供就业指导和咨询服务，帮助毕业生解决就业过程中遇到的问题。
总之，自己私自盖章三方协议的行为是不可取的，它可能会带来一系列不必要的麻烦和后果。毕业生应该严格遵守学校的就业规定和流程，保持诚信和及时沟通，以确保自己的就业过程顺利进行。