学校在特定情况下确实会对第三方协议上的盖章进行真假核查，但并非对所有协议都进行严格细致的审查。以下是对此问题的详细分析：
学校核查盖章真假的情况
形式审查：
- 学校通常会对第三方协议进行初步的形式审查，这包括检查协议上是否有学校就业指导部门、用人单位以及学生本人的签字盖章。这一步骤旨在确保协议的基本完整性和规范性，从而保障三方的合法权益。在形式审查过程中，如果盖章存在明显问题，如字体模糊、图案不清或印章名称与企业实际不符，学校很可能会进一步深入核查。
信息核实：
- 学校可能会进一步核实协议中填写的用人单位信息，包括通过网络查询用人单位的注册信息、联系电话等，以验证其真实性。虽然这一步骤主要关注的是用人单位信息的真实性，但如果发现用人单位信息与盖章存在明显不符，学校也可能会对盖章的真假产生怀疑，并进行进一步核查。
特殊情况审查：
- 对于某些特殊情况的协议，如学生就业的单位为大型知名企业、重要政府部门或事业单位，或者学生与这些单位有密切合作关系，学校可能会出于就业质量关注或合作关系的考虑，进行更为细致的核查。这包括核查盖章的真假，以确保协议的真实性和有效性。
假章被发现的法律后果
协议无效：
- 如果学校或用人单位发现第三方协议上的盖章是假的，该协议将被视为无效合同。这意味着协议中的各项约定均不具有法律效力，各方在协议中约定的权利和义务将无法得到法律保障。
法律责任：
- 使用假章签署协议的一方需承担因使用假章而产生的法律责任。这可能包括被罚款、承担民事责任，甚至面临刑事指控。具体来说，如果因为使用假章导致他人遭受损失，盖章方可能需要赔偿相应的经济损失；在情节严重的情况下，还可能构成犯罪，受到刑事处罚。
学校处理：
- 学校若发现学生在第三方协议上使用假章，将依据校规校纪进行严肃处理。这可能包括但不限于警告、记过、留校察看甚至开除学籍等处分，对学生的学业和在校声誉造成严重影响。
建议与警示
确保盖章真实有效：
- 在签署任何协议时，务必确保使用的是真实有效的印章。这是维护各方合法权益、促进商业活动顺利进行的基石。
遵守法律法规和道德准则：
- 使用假章是严重违法且不道德的行为，将带来法律责任、诚信损失以及可能的协议无效或纠纷等多重严重后果。因此，应坚决避免使用假章。
及时咨询与求助：
- 如果对协议的签订或核查有任何疑问，应及时向学校的就业指导部门或相关部门咨询，以获得专业的指导和帮助。同时，也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。
综上所述，学校在特定情况下确实会对第三方协议上的盖章进行真假核查。因此，在签署协议时，务必确保盖章的真实性和有效性，以避免不必要的法律风险和后果。