关于公司使用员工身份证注册流量卡是否违法的问题，这主要涉及到个人信息保护和电话用户真实身份信息登记的相关规定。

首先，从个人信息保护的角度来看，《电信和互联网用户个人信息保护规定》明确了对用户个人信息的保护要求。该规定强调电信业务经营者和互联网信息服务提供者应当采取必要的技术和管理措施，确保用户个人信息的安全，防止信息泄露、毁损或丢失。如果公司未经员工同意，擅自使用其身份证注册流量卡，这很可能构成对员工个人信息的非法使用和泄露，违反了该规定中关于信息保护的原则。

其次，从电话用户真实身份信息登记的角度来看，《电话用户真实身份信息登记规定》要求电信业务经营者在为用户办理入网手续时，必须要求用户出示有效身份证件，并如实登记用户真实身份信息。这一规定旨在保障通信安全，防止不法分子利用虚假身份进行违法活动。如果公司使用员工身份证注册流量卡，但并非员工本人使用，或者员工并不知情，那么这种行为就违反了真实身份信息登记的规定，可能导致通信安全风险，并可能因此受到电信管理机构的处罚。

综合以上分析，公司未经员工同意，擅自使用其身份证注册流量卡的行为，很可能同时违反了个人信息保护和电话用户真实身份信息登记的相关规定。这种行为不仅可能损害员工的合法权益，还可能对公司自身带来法律风险和声誉损失。

因此，我建议公司在处理员工个人信息时，务必严格遵守相关法律法规，确保员工个人信息的合法、安全使用。如果公司需要为员工办理流量卡等通信业务，应当事先征得员工的同意，并确保由员工本人使用或按照员工的明确指示进行办理。这样不仅可以保护员工的合法权益，也有助于维护公司的良好形象和声誉。