关于与他人存在不正当关系单位如何处理的问题，这主要取决于单位的规章制度、劳动合同以及相关法律法规的规定，以下从多个角度进行分析：
单位规章制度的角度：
- 许多单位在规章制度中明确规定了员工的行为准则，包括禁止不正当男女关系等可能影响工作秩序和单位形象的行为。如果员工的此类行为违反了单位的规章制度，单位有权依据规章制度进行相应的处理，如警告、记过、降职、解雇等。
- 建议：员工应仔细阅读并了解单位的规章制度，避免违反相关规定。如果单位因此类行为对员工进行处理，员工应首先确认自己的行为是否确实违反了规章制度，并考虑是否接受处理或寻求法律途径维护自己的权益。
劳动合同的角度：
- 劳动合同是员工与单位之间约定双方权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确规定了员工不得有不正当男女关系等行为，并且约定了违反此规定的后果，那么单位有权依据劳动合同进行处理。
- 建议：在签订劳动合同时，员工应仔细阅读合同条款，特别是关于行为准则和违约责任的条款。如果合同中有此类规定，员工应严格遵守，以免面临不必要的法律风险。
法律法规的角度：
- 在一般情况下，不正当男女关系本身并不直接构成违法或犯罪行为（除非涉及重婚、破坏军婚等特定情形）。因此，单位不能仅凭员工存在不正当关系就对其进行法律上的处罚。
- 但是，如果此类行为导致了工作秩序的混乱、单位形象的损害或其他严重后果，单位可能可以根据《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定，以严重违反用人单位规章制度或严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害为由，解除与员工的劳动合同。
- 建议：员工应了解并遵守相关法律法规，避免因个人行为给单位带来不必要的损失。如果单位因此类行为解除劳动合同，员工应确认解除是否合法，并考虑是否通过法律途径维护自己的权益。
实际操作中的建议：
- 对于单位而言，在处理此类问题时，应确保处理程序合法合规，避免侵犯员工的合法权益。单位应依据明确的规章制度和劳动合同进行处理，并保留相关证据以支持处理决定。
- 对于员工而言，如果面临单位的处理决定，应首先了解处理决定的依据和程序是否合法。如果认为处理决定不合法或不合理，可以通过与单位协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式维护自己的权益。
总结来说，单位如何处理与他人存在不正当关系的员工，主要取决于单位的规章制度、劳动合同以及相关法律法规的规定。员工应了解并遵守相关规定，避免因此类行为面临不必要的法律风险。如果面临单位的处理决定，应确认处理决定的合法性，并考虑是否通过法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。