核心结论：对方保险公司仅同意赔偿1000元是否合理，需结合事故责任划分、车辆实际损失及保险条款综合判断。以下分情况说明：

1. 若事故责任在对方（全责或主责）

• 赔偿范围：根据《民法典》第1213条，对方需赔偿您电瓶车的实际维修费用（以维修发票或定损单为准）、合理交通费（如维修期间替代交通工具费用）等直接损失。
• 保险公司定损问题：若保险公司仅定损1000元，但实际维修费用更高（如需更换电池、电机等核心部件），您可要求保险公司重新核损，或自行委托第三方机构评估损失。若对方拒绝配合，可直接起诉对方及保险公司，法院会委托鉴定机构确定损失金额。
• 建议行动：
  1. 收集维修报价单、事故现场照片、交警责任认定书等证据；
  2. 联系保险公司要求书面说明定损依据（如是否扣除残值、是否按市场价评估等）；
  3. 若协商无果，可向当地银保监会投诉或直接起诉。

2. 若您承担部分责任（如次责或同等责任）

• 赔偿比例：根据责任划分，对方仅需赔偿您损失中其应承担的部分（如同等责任下赔偿50%）。若1000元是按比例折算后的金额，需核实您的总损失是否合理。
• 示例：若电瓶车实际损失为3000元，对方承担70%责任，则应赔2100元。若保险公司仅赔1000元，可能存在低估损失或错误适用责任比例的情况。
• 建议行动：
  1. 要求保险公司提供责任比例计算依据；
  2. 核对总损失金额是否与实际维修费用一致；
  3. 若对责任划分有异议，可申请复核交警责任认定书。

3. 若电瓶车损失较小（如仅外壳损坏）

• 合理性判断：若维修费用确实较低（如1000元足以覆盖全部损失），则保险公司赔偿金额可能合理。但需注意：
  • 保险公司是否以“旧件折价”为由扣减费用（需明确告知您并同意）；
  • 是否包含必要税费（如增值税）。
• 建议行动：
  1. 要求保险公司出具详细定损清单，逐项核对；
  2. 若对清单有疑问，可要求补充说明或复核。

4. 关键注意事项

• 避免自行签字确认：在未核实损失金额前，不要签署保险公司提供的《赔偿协议》或《结案声明》，否则可能丧失后续追偿权利。
• 保留证据原件：维修发票、定损单、事故认定书等需妥善保管，诉讼时需提交原件。
• 诉讼成本：若损失金额不大（如仅超1000元几百元），需权衡诉讼时间成本与赔偿差额。

总结：保险公司赔偿1000元是否合理，需以实际损失为依据。若您认为金额过低，可先通过协商、投诉解决；若仍无法达成一致，建议通过法律途径维护权益。如有进一步证据或疑问，可直接向我咨询具体操作步骤。